Struktura FP6 programa podijeljena je u slijedeće četiri cjeline:

1) Tematski prioriteti – definirani su vodeći računa o razvojnim potrebama europskog društva i gospodarstva, te o nužnosti da se istraživanjem i razvojem tehnologija pridonese rješavanju problema s kojima se Europa i svijet susreće; prioriteti su određeni u raspravama u nacionalnim parlamentima, te usvojeni u Europskom parlamentu; ukupno je za istraživanje u sklopu sedam ključnih prioriteta izdvojeno 11,3 milijardi EUR; kljucni prioriteti FP6 su slijedeći:

• Znanost o životu, genomika i biotehnologija u službi zdravlja (2,3 mlrd. EUR)
• Tehnologije informacijskog društva (3,6 mlrd. EUR)
• Nanotehnologije i nanoznanost, višefunkcijski materijali i novi proizvodni procesi (1,3 mlrd. EUR)
• Aeronautika i prostor (1,1 mlrd. EUR)
• Kvaliteta i sigurnost hrane (0,6 mlrd. EUR)
• Održivi razvoj, globalne promjene i ekosustavi (2,1 mlrd. EUR)
• Građani i upravljanje u društvu temeljenom na znanju (0,25 mlrd. EUR)

2) Strukturiranje Europskog istraživačkog prostora – cilj ove cjeline je strukturirati europski istraživački prostor na način da se efikasnije iskorištavaju ljudski potencijali i istraživačka oprema; ovaj dio FP6, za koji je predviđen ukupni proračun od 2,6 milijardi EUR, usredotočen je na unapređenje i poticanje slijedećih prioriteta:

• Istraživanje i inovacije
• Ljudski resursi i mobilnost
• Istraživačke infrastrukture
• Znanost i društvo

3) Jačanje temelja Europskog istraživačkog prostora – za ovu je cjelinu rezervirano 320 mil. EUR, a namjena je da potpornim mjerama pomogne koherentnom razvoju istraživačke i inovacijske politike u Europi, i to kroz:

• Koordinacija istraživačkih aktivnosti
• Razvoj istraživačkih/inovacijskih politika

4) Spečifične aktivnosti koje pokrivaju šire područje istraživanja – cilj ove cjeline je poduprijeti istraživanja u svrhu potpore EU politikama i anticipiranje budućih istraživačkih i tehnoloških potreba, poticati uključivanje malih i srednjih poduzeća u aktivnosti Europske istraživačkog prostora, te podupirati suradnju s trećim zemljama; za ovu cjelinu rezervirano je ukupno 1,3 mlrd. EUR, te dodatnih 760 mil. EUR za nenuklearne aktivnosti Zajedničkog istraživačkog centra Europske komisije (JRC).

• Istraživanja u svrhu potpore politikama Europske unije
• Istraživanja novih znanstvenih i tehnoloških problema i mogućnosti
• Specifične istraživačke aktivnosti za mala i srednja poduzeća
• INCO – aktivnosti na području međunarodne suradnje