webmail 
glavni istraživač: dr. sc. Nenad Trinajstić
istraživači: Bono Lučić, Sonja Nikolić, Iva Marija Tolić-Nørrelykke
Dosadašnji rad suradnika na razvoju deskriptora i računalnih programa za učinkovito modeliranje (izbor deskriptora s programom CROMRsel) u kemiji i bioinformatici bit će objedinjen s radovima drugih istraživača u području računanja deskriptora i pronalaženje modela (programi CODESSA, DRAGON, Cerius2). Objedinjavanjem tih postupaka u povezani programski sustav i njihova međusobna provjera i primjena, koja je cilj ovoga istraživanja, rezultirat će u povećanju učinkovitosti QSAR/QSPR (quantitative structure-activity/property relationships) postupaka u primjeni u farmaceutskoj industriji, zaštiti okoliša, a metode razvijene na projektu primjenjive su npr. i u ekonomiji, medicinskoj dijagnostici, i šumarstvu. Metodama koje će se razviti na ovome projektu dobivat će se točniji i prediktibilniji modeli koji će istovremeno biti jednostavniji od postojećih, što će olakšati njihovo razumijevanje i korištenje.
Metode razvijene u području kemijskog modeliranja bit će primijenjene i na probleme iz bioinformatike u modeliranju veze između primarne strukture proteina (slijeda aminokiselinskih ostataka u proteinu) i sekundarne i tercijarne strukture, funkcije, lokacije proteina u stanici, udjela sekundarne strukture i strukturalne klase u koju spada pojedini protein (alfa, beta ili miješana klasa). Kod membranskih proteina razvijat će se model za predviđanje topologije proteina. Pri tome će se koristiti velike baze proteinskih struktura kojima je poznata struktura, a na temelju tih baza računat će se deskriptori (frekvencije pojavljivanja aminokiselina, sličnost među proteinima, autokorelacija u pojavljivanju pojedinih aminokiselinskih ostataka). Modeliranje će biti provedeno uglavnom s programima CROMRsel za izbor najznačajnijih deskriptora. Postanak i održanje oblika i prostorne organizacije važni su za život na svim razinama složenosti, od makromolekula do stanica, organa i organizama. Na razini stanice podjela genetskog materijala i ispravna stanična dioba ovisi o ispravnom staničnom obliku i poziciji organela unutar stanice. U ovom projektu želimo proučavati mehaniku stanične diobe i mehanizme kojima se stanica prostorno organizira. Rezultati modeliranja u bioinformatici bit će primijenjeni u svrhu boljeg razumijevanja strukture, aktivnosti i svojstava topljivih i membranskih proteina.