Očuvanje i upravljanje visokokvalitetnog vodnog dobra i biološke raznolikosti područja pod izravnim utjecajem turizma, ribarstva i marikulture, glavna su sredstva socio-ekonomskog razvoja Hrvatskog priobalnog gospodarstva. Brojne frontalne zone koje nastaju u Istarskom priobalnom pojasu pod utjecajem prirodnih (vjetrovi, morske mijene, geomorfološka svojstva), antropogenih (industrijski i/ili urbani ispusti), ili više čimbenika u međudjelovanju imaju ključnu ulogu u funkcioniranju i otpornosti ekosustava Jadranskog mora. Područje ovog istraživanja obuhvaća dvije oligotrofne i dvije eutrofne lokacije u Rovinjskom akvatoriju.
Praćenjem kvantitativnih promjena unutar zajednice pikoplanktona (broja bakterija, pikoeukariota i cijanobakterija, Flow Cytometer), te strukturne (16S rDNA, DGGE) i fiziološke (masne kiseline, GC/MS) dinamike frakcija proizvođača i potrošača stječemo uvid u kapacitet mikrobnih zajednica prema varijabilnom i rastućem organskom opterećenju.
Integracija klasičnih metoda i biomarkerskog pristupa omogućava nam sveobuhvatniju procjenu raznolikosti i funkcioniranja mikrobne hranidbene mreže pod utjecajem promjenjivosti okoliša, te bolje razumijevanje kompleksnih promjena koje se događaju na razini bioloških zajednica i ekosustava u cjelini.