Sanja Tomić

Sanja Tomić

Prof. dr. sc.

znanstvena savjetnica
+385 1 457 1251

1265
1335

Krilo 1/111

Zavod za fizičku kemiju
Institut Ruđer Bošković
Bijenička 54
10000 Zagreb

Bibliografija

Obrazovanje

Diplomirala sam u svibnju 1982. god. na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu (Odjel fizike) u Zagrebu i stekla zvanje dipl. ing. fizike.

            Magistarski rad "Određivanje koncentracije elemenata u biološkim uzorcima spektroskopijom karakterističnog X-zračenja i interpretacija  rezultata" obranila sam u travnju 1986. godine, na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu u Zagrebu (Odjel fizike).  Mentor dr.sc. V. Valković.

            Doktorsku disertaciju "Konformacijska analiza glikozidnih konjugata indol-3-octene kiseline i triptofola metodama rendgenske difrakcije i računalske kemije", obranila sam u rujnu 1993. godine na Institutu “Ruđer Bošković”. Mentor dr. sc. B. Kojić-Prodić.

U razdoblju od 01.09.1996. do 31.12.1997. boravila sam kao stipendist Alexander von Humboldt zaklade u European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg, u grupi dr. R. C. Wade. U istom laboratoriju boravila sam kao stipendista EMBL-a od 01.1.1998.-30.6.1998.

Područja znanosti

interdisciplinarne prirodne znanosti, biokemija i molekularna biologija, biofizika i medicinska fizika

Projekti

'Proučavanje biomakromolekula računalnim metodama i razvoj novih algoritama' (098-1191344-2860)

'Study of plant enzymes from metallopeptidase families M20 and M49' (2012-2015, project within the Research Group Linkage Programme of the Alexander von Humboldt Foundation)

Nastava

Diplomski studij kemije – PMF, Sveučilište u Zagrebu, M. Luić i S. Tomić (voditelji i predavači): „Kristalografija i modeliranje biomakromolekula”

    Predmet: KRISTALOGRAFIJA I MODELIRANJE BIOMAKROMOLEKULA

Poslijediplomski studij – PMF, Sveučilište u Zagrebu, S. Tomić (voditelj i predavač):

- smjer biofizika: „Modeliranje biomakromolekula”

- smjer biokemija: „Modeliranje biomakromolekula: strukture, kompleksi, interakcije”

Doktorski studij biofizikePMF, Sveučilište u Splitu;  S. Tomić & A. Graovac (voditelji i predavači): „Modeliranje biomakromolekula i njihovih kompleksa”

Poslijediplomski interdisciplinarni studij Molekularne znanosti, Sveučilište u Osijeku;  S. Tomić :„Modeliranje biološki važnih molekula i njihovih kompleksa”

Istaknute publikacije

  1. Tomić S., Nilsson L. and Wade R. C., Nuclear receptor-DNA binding Specificity: A Combine and Free-Wilson QSAR Ananlysis,  J. Med. Chem. 43 (2000), 1780-1792.
  2. Tomić S., Bertoša B., Kojić-Prodić B. and Kolosvary I., Stereoselectivity of Burkholderia cepacia lipase towards secondary alcohols: molecular modelling and 3D QSAR approach, Tetrahedron: Asymmetry15 (2004), 1163-1172.
  3. Wang T., Tomić S., Gabdouline R. R., Wade C. R., How optimal are the binding energetics of barnase and barstar?, Biophysical J. 87 (2004), 1618-1630.
  4.  Tomić S., Bertoša B., Wang T., Wade C. R., COMBINE Analysis of the specificity of binding of Ras proteins to their effectors. PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 67 (2007), 435-447.
  5. Bertoša B., Kojić-Prodić B., Wade R., Tomić S. Mechanism of auxin interaction with Auxin Binding Protein (ABP1): a molecular dynamics simulation study. Biophy. J 94(1) (2008), 27-37.
  6. Luić M., Stefanić Z., Ceilinger I., Hodošček M., Janežić D., Lenac T., Leščić I., Šepac D., Tomić S., Combined X-Ray Diffraction and QM/MM Study of the Burkholderia cepacia Lipase Catalyzed Secondary Alcohol Esterification, J. Phys. Chem B., 112 (2008), 4876-4883.
  7. Čaleta, I.; Kralj, M.; Marjanović, M.; Bertoša, B.; Tomić, S.; Pavlović, G.; Pavelić, K.; Karminski-Zamola, G. Novel Cyano- and Amidino- Benzothiazole Derivatives: Synthesis, Antitumor Evaluation, X-ray and QSAR Analysis, Journal of Medicinal Chemistry. 52 (2009) 1744-1756.
  8. Šikić M., Tomić S., Vlahoviček K., Prediction of Protein-Protein Interaction Sites in Sequences and 3D Structures by Random Forests. // Plos computational biology. 5(1) (2009).
  9. Groger, K.; Baretić, D.; Piantanida, I.; Marjanović, M.; Kralj, M.; Grabar, M.; Tomić, S.; Schmuck, C., Guanidiniocarbonyl-pyrrole-aryl conjugates as nucleic acid sensors: switch of binding mode and spectroscopic responses by introducing additional binding sites into the linker, Organic & biomolecular chemistry9 (2011) 198-209.
  10.  Tomić, A.; Abramić, M.; Špoljarić, J.; Agić, D.; Smith, D.M.; Tomić, S.;Human Dipeptidyl Peptidase III: Insights into Ligand Binding from a Combined Experimental and Computational Approach,  Journal of Molecular recognition 24 (2011) 804-814.
  11. Brkić, H.; Buongiorn, D; Ramek, M; Straganz, G*;Tomić, S*. Dke1—structure, dynamics, and function: a theoretical and experimental study elucidating the role of the binding site shape and the hydrogen-bonding network in catalysis,J Biol Inorg Chem17(2012), 5; 801-815.
  12. Aleksić, M.; Bertoša, B.; Nhili, R.; Uzelac, L.; Jarak, I.; Depauw, S.; David-Cordonnier, MH.; Kralj, M.;Tomić, S.*; Karminski-Zamola, G.*. Novel Substituted Benzothiophene-, Thienothiophene-carboxanilides, quinolones : Synthesis, Photochemical Synthesis, DNA–binding Properties, Antitumor evaluation, QSAR analysis,Journal of medicinal chemistry.55(2012); 5044-5060.
  13. Tomić, A; . Gonzalez, M.;Tomić, S.* The large scale conformational change of the human DPP III – substrate prefers the "closed" form,Journal of chemical information and modeling.52(2012); 1583-1594.
  14. Tus, A.; Rakipović, A.; Peretin, G.;Tomić, S.; Šikić, M.* BioMe: biologically relevant metals,Nucleic acids research.v40(Web Server Issue) (2012).
  15. Grabar Branilović, M.;Tomić, S.*; Tumir, L-M.*; Piantanida, I. The bis-phenanthridinium system flexibility and position of covalently bound uracil finely tunes the interaction with polynucleotides. //Molecular biosystems.9(2013); 2051 – 2062.

Članstva u profesionalnim udrugama / društvima

Croatian Crystallographic Association, Croatian Physical Society, Croatian Biochemicall Society, International QSAR Society, European biophysical society. Od 2010. predsjednica Hrvatskog biofizičkog društva.

Ostalo

Istraživanje

Proučavanje biološki važnih molekula (i sistema) teorijskim i računalnim metodama