Odlazna mobilnost asistenata - Boris Gomaz
Za spoznaju kako proteini djeluju u živim organizmima glavni preduvjet je poznavanje njihovog oblika u prostoru jer je njihova struktura temelj njihove funkcije. Danas kao i proteklih desetljeća glavna metoda koja nam daje sliku trodimenzijske strukture proteina bila je i ostala metoda rendgenske kristalografije. Ona nam daje sliku kako proteini izgledaju do najsitnijih atomskih detalja. No iako je to najpreciznije što možemo doznati o samoj strukturi proteina, veliki je nedostatak to što nam kristalografija daje samo jednu sliku koja predstavlja samo jednu od mnoštva mogućih struktura koje jedan protein može imati. Naime, proteini se u živim organizmima stalno gibaju i neprestano mijenjaju svoj oblik, i to gibanje je podjednako važno za njihovu funkciju kao i sam oblik. To gibanje proteina ne možemo izravno opažati ali današnje mogućnosti naprednog računanja nam omogućavaju da s velikom vjernošću možemo simulirati kako se oni gibaju polazeći od slike koju imamo iz kristalografije, kroz tzv. molekulske simulacije. Kada jednom imamo i strukturu i načine gibanja proteina možemo puno više toga reći o tome kako taj protein radi. Ono što još možemo doznati je kako neka promjena na jednom dijelu proteina djeluje na neki udaljeni dio, a to je nešto što je prisutno kod velike većine proteina, i ta se pojava naziva alosterija. Lako je od ključne važnosti, još smo daleko od potpunog razumijevanja kako proteini postižu tu komunikaciju na daljinu.Jedan od načina kako možemo razumjeti alosteriju jest da pratimo kako se pojedini dijelovi proteina gibaju u skladu s drugima u vremenu. To znači da pratimo korelacije promjena u vremenu i iz toga zaključujemo da one promjene koje su bliske u vremenu moraju na neki način biti povezane u tzv. alosteričke puteve. No kako su proteini izuzetno kompleksne molekule s puno atoma, a simulacije proteina imaju i na milijune pojedinačnih koraka, potrebno je naći način kako iz tog mora nepovezanih gibanja naći ona koja su povezana.U sklopu projekta ALOKOMP razvijen je inovativni način praćenja gibanja proteina u vremenu preko dijagrama koji su u stanju prikazati velike brojeve međuovisnih točaka. No čak i ovako simplificiran prikaz gibanja u sebi nosi izazov pronalaska korelacija među tim dijagramima. U svojem boravku na Sveučilištu Brunel, asistent Boris Gomaz u suradnji s dr. Alessandrom Pandinijem radit će upravo na pronalasku efikasnog načina otkrivanja ovakvih korelacija. Dr. Pandini je autor programa i ekspert upravo u području pronalaska korelacija u gibanjima pojedinih dijelova proteina.Organizacija-domaćin: Brunel University, London, Ujedinjena Kraljevina