Procjena izloženosti akvatičkih organizama metalima uključuje primjenu indikatorskih organizama i tkiva, najčešće jetre i škrga riba, školjkaša i rakova, međutim još uvijek postoji potreba za pouzdanim i osjetljivim bioindikatorima, koji bi odražavali biorasploživu, a time i potencijalno toksičnu razinu metala te ukazivali na kratkoročne i dugoročne promjene. Iako je probavilo rijetko korišteno kao bioindikatorski organ, aktualna je spoznaja da je unos metala hranom u ribe jednako važan kao i unos vodom. Rijetki podatci o razinama metala u probavilu riba uglavnom se uspoređuju s razinama metala u crijevnih nametnika kukaša, koji akumuliraju metale učinkovitije od drugih indikatorskih organizama. Do sada nije poznata bioraspoloživost metala unesenih hranom, kao ni mehanizam vezanja metala u kukaša te se planira po prvi puta odrediti udio metabolički raspoložive razine metala u probavilu riba te ekspresija gena u probavilu riba i kukašima u različitim uvjetima izloženosti metalima. Istraživanje će se provesti na rijeci Krki, koja je zbog čiste krške vode, ali i ulijevanja industrijskih i komunalnih otpadnih voda, prikladan ekosustav koji omogućava praćenje mehanizma toksičnosti metala, njihove akumulacije te bioloških odgovora u organizama pod različitim utjecajem onečišćenja. Utjecaj na organizme procijenit će se mjerenjem biokemijskih i histopatoloških markera, kao i koncentracija metala u probavilu i mišiću potočne pastrve, kukašima te kalcificiranim strukturama (otolitima i ljuskama) koje ukazuju na dugoročnu izloženost metalima tijekom rasta riba. Uz nativne, eksperimentalni organizmi (alge, Daphnia) ukazat će na potencijalnu toksičnost riječne i otpadne vode provođenjem testova toksičnosti. Sveobuhvatna procjena ekološkog stanja uključivat će određivanje razina metala u vodi i sedimentu rijeke Krke i četiri pritoke te po prvi puta omjera izotopa 87Sr/86Sr, kao markera geoloških značajki.