Projekt je usmjeren na istraživanje funkcionalne i geokemijske uloge mikrobnih biofilmova u slatkovodnim krškim ekosustavima te na razumijevanje njihove uključenosti u biogeokemijske cikluse i izvanstaničnu enzimsku aktivnost. Istraživanje se provodi u dvama klimatski kontrastnim područjima Hrvatske – Nacionalnom parku Plitvička jezera i Nacionalnom parku Krka – s ciljem usporedbe mikrobnih procesa i njihove povezanosti s okolišnim čimbenicima. Projekt uključuje terensko uzorkovanje, laboratorijske analize te primjenu molekularnih i metagenomskih pristupa. Funkcionalna aktivnost mikrobnih zajednica analizira se pomoću Biolog EcoPlates™ sustava i fluorimetrijskih metoda, dok se strukturna raznolikost i genski potencijal ispituju amplikonskim i metagenomskim sekvenciranjem. Dobiveni podaci obrađuju se i interpretiraju primjenom naprednih statističkih i bioinformatičkih alata u programskom okruženju R, uz integraciju funkcionalnih i okolišnih parametara. U okviru projekta provodi se znanstveno-istraživačko usavršavanje u Probst Labu (Njemačka), vodećem europskom centru za istraživanje mikrobioma vodenih sustava. Tijekom usavršavanja provodi se integracija postojećih podataka s novim multi-omics analizama (metagenomika, metatranskriptomika, metaproteomika, lipidomika) te razvoj bioinformatičkih protokola za analizu i vizualizaciju višerazinskih skupova podataka. Projekt doprinosi razumijevanju funkcionalne ekologije mikroorganizama u krškim vodnim sustavima te jačanju metodoloških i analitičkih kapaciteta u području mikrobiologije okoliša u Hrvatskoj.