Prilagodba okolišu često uključuje promjene u regulaciji gena, no nije jasno kada se takva regulatorna divergencija pojavljuje tijekom razvoja kralježnjaka, koliko je majčinski naslijeđena i kako je povezana s evolucijskim ograničenjima cis-regulatornog krajolika. CaveAGE će to istražiti na meksičkoj tetri, Astyanax mexicanus, EvoDevo modelu u kojem se špiljski i površinski morfovi razlikuju u pigmentaciji, razvoju oka, ponašanju i metabolizmu, ali se mogu međusobno križati.Cilj projekta je odrediti kada i kako se regulatorna divergencija pojavljuje tijekom rane embriogeneze vrste Astyanax, te prethode li promjene u uporabi promotora, inicijaciji transkripcije i enhancer-povezanoj transkripciji vidljivoj morfološkoj divergenciji. Izradit ćemo razvojni CAGE atlas embrija špiljskog i površinskog morfa te recipročnih hibrida kroz četiri razvojna razdoblja koja obuhvaćaju maternalno-zigotni prijelaz, aktivaciju zigotnog genoma i kasniju embriogenezu. CAGE omogućuje mapiranje početaka transkripcije, aktivnosti promotora, alternativne uporabe promotora i enhancer-povezane transkripcije na razini pojedinačne baze. Recipročni hibridi omogućit će razlikovanje majčinski naslijeđenih regulatornih programa od zigotnih učinaka, dok će komparativne analize konzerviranih nekodirajućih elemenata i genomskih regulatornih blokova smjestiti divergentne regulatorne elemente u evolucijski kontekst. Genomski jezični modeli koristit će se za hipoteze na razini sekvence, a odabrani kandidati validirat će se promotorski specifičnim RT-qPCR-om i in situ hibridizacijom.Projekt će proizvesti prvi razvojni atlas inicijacije transkripcije za Astyanax, otvorene anotacije promotora i enhancera, karte komparativne konzervacije, prioritizirane regulatorne kandidate i reproducibilne radne tijekove.