Skok s jednostaničnih na višestanične organizme jedan je od najvažnijih evolucijskih događaja. Sve više dokaza upućuje na to da je taj prijelaz uglavnom posredovan regulacijom ekspresije gena, a ne nastankom novih gena. Međutim, unatoč važnosti takvog događaja, regulatorni elementi koji pokreću ovaj skok iznenađujuće su slabo opisani. Bez razumijevanja molekularnih mehanizama koji upravljaju regulacijom razvojnih faktora u našim jednostaničnim srodnicima, ne možemo težiti rasvjetljavanju regulatornih procesa koji stoje iza evolucije kompleksnog života. S tim na umu, glavni je cilj projekta PROSPER identificirati i opisati regulatorne elemente koji pokreću prijelaze u životnom ciklusu jednostaničnih srodnika Metazoa. Kako bih postigao taj cilj, proširit ću svoju novoosnovanu Hrvatsku grupu za evolucijsku regulaciju ekspresije gena (croERG), specijaliziranu za regulatornu i komparativnu genomiku, koja proizvodi i analizira eksperimentalne skupove podataka primjenom i razvojem najsuvremenijih računalnih algoritama, s ciljem razumijevanja dinamične ekspresije gena u proliferativnim stadijima i tkivima organizama diljem stabla života. Predloženim istraživanjem proširit ćemo postojeća znanja sljedećim analizama: 1. karakterizacijom cis-regulatornih elemenata u odabranim protistima; 2. povezivanjem očuvanosti nekodirajućih regija s regulacijom ekspresije gena; 3. razlikovanjem evolucijski zajedničkih obilježja regulatornog pejzaža od inovacija specifičnih za pojedine loze pomoću pristupa dubokog učenja. Rezultati projekta PROSPER ne samo da će identificirati regulatorni pejzaž i povezati ga s evolucijskim inovacijama, nego će i postaviti temelj za budući napredak u ovom fundamentalnom, a još neistraženom području.