Utjecaj ponavljajućih sekvenci na molekularnu evoluciju i arhitekturu genoma školjkaša
Glavni istraživač
Ponavljajuće sekvence DNA su najzastupljenije komponente svakog eukariotskog genoma. One se dijele na dvije glavne skupine: satelitne DNA (satDNA), koje se sastoje od nizova uzastopno ponovljenih jedinica te transponirajuće elemente (TE), raspršene diljem genoma. SatDNA i TE ključni su graditelji arhitekture genoma i pokretači njegove evolucije, kroz procese koji reorganiziraju ponavljajuće sekvence DNA i mijenjaju njihov broj kopija. ''Mobilom'' (cjelokupni skup TE u genomu) snažno doprinosi plastičnosti eukariotskog genoma, kroz eksplozije TE aktivnosti. Evolucija satDNA prati nekoliko uvriježenih principa poput: organizacije u duge nizove smještene u heterokromatinu, ''model biblioteke'' i koncept ''usklađene evolucije''. Istraživački interes koji obuhvaća sve aspekte biologije školjkaša je brzo-rastući i usmjerava se prema sveobuhvatnim ''omics'' analizama (uključujući satelitomiku i repeatomiku). Naše analize repetitivnih sekvenci kamenica otkrile su nove obrasce i iznimke od kanonskih koncepata, pružajući vrijedne doprinose znanstvenom području biologije repetitivnih DNA. Također, satDNA ovih organizama su pokazale snažnu povezanost s TE. Koristeći različite eksperimentalne i bioinformatičke pristupe, ovaj projekt namjerava istražiti ulogu TE u organizaciji, širenju i evoluciji satDNA nekoliko vrsta kamenica. Bit će ispitan stupanj ''usklađene evolucije'' i uspoređen za samostalne i TE-inkorporirane nizove satDNA, unutar i između vrsta. Bit će istražena razlika u količini i sadržaju heterokromatina te identificiran i uspoređen aktivni dio mobiloma kamenica. Dobiveni rezultati dat će vrijedan doprinos razumijevanju repetitivnih krajolika genoma te njihovog utjecaja na kromosomsku arhitekturu. Istovremeno, komparativna repeatomika pružit će uvid u evolucijske procese i odnose među repetitivnim sekvencama srodnih vrsta.