Prijeđite na glavni sadržaj

Varijacije u broju kopija uzrokovane okolišem u mišjim spermijima

Glavni istraživač

Tip projekta
Znanstveno-istraživački projekti
Program
Uspostavni istraživački projekti
Financijer
Hrvatska zaklada za znanost
Datum početka
15.2.2020.
Datum završetka
14.2.2025.
Status
Aktivan
Ukupan iznos financiranja projekta
1881275 HRK
Više informacija

Varijante broja kopija (engl. Copy Number Variants; CNVs) su najčešći oblik genetske varijacije, u smislu brzine mutacije i udjela genoma koji obuhvaćaju, te stoga imaju značajan utjecaj na zdravlje i evoluciju. Unatoč tome, nejasno je kako na varijante broja kopija i njihovu stopu mutacije utječu okolišni čimbenici. Studije koje se temelje na populacijskim genomskim analizama nisu u stanju detektirati de novo CNVs sve dok one nisu prisutne u većoj frekvenciji u populaciji. Stoga se utjecaj okoliša može pretpostavljati samo za varijante koje su manje ili više fiksirane u određenoj populaciji. Štoviše, ove analize kao i analize obitelji se redovito provode na diploidnim genomima iz somatskih tkiva, prilikom čega je nejasan broj kopija pojedinog alela. To onemogućava točne procjene učestalosti i brzine mutacije, povezivanje specifičnih varijanti s bolestima i poremećajima i detekciju utjecaja okolišnih čimbenika. Kako bi se prevladali ovi problemi, ovdje predloženo istraživanje ispitat će utjecaj nekoliko okolišnih čimbenika na frekvenciju CNVs u pojedinačnim spermijima, pomoću najnovije tehnologije istovremenog sekvenciranja genoma iz tisuća stanica. Osim toga, pomoću sekvenciranja i analize transkriptoma, ispitat ćemo mogu li jaki transkripcijski odgovori na okolišne čimbenike tijekom spermatogeneze stimulirati varijacije broja kopija na induciranim regijama putem replikacijskog stresa. Procijenit će se frekvencija varijanti vezanih za specifične okolišne uvjete, od kojih su mnogi povezani s kompleksnim poremećajima, te će tako rezultati doprinijeti razumijevanju mehanizma nastanka bolesti. Mišji soj koji će se koristiti u ovom istraživanju jedan je od glavnih genetičkih i biomedicinskih modela, pa se očekuje da će rezultati biti primjenjivi na ljude. Predloženi projekt predstavlja originalan pristup u istraživanju brzine mutacije CNVs, s potencijalom za dosad najvišu osjetljivost de novo CNV detekcije i razlučivanja interakcija između okoliša i genoma.

Ova stranica koristi kolačiće. Neki od tih kolačića nužni su za ispravno funkcioniranje stranice, dok se drugi koriste za praćenje korištenja stranice radi poboljšanja korisničkog iskustva. Za više informacija pogledajte naše uvjete korištenja.

Prilagodi postavke
  • Kolačići koji su nužni za ispravno funkcioniranje stranice. Moguće ih je onemogućiti u postavkama preglednika.