Prijeđite na glavni sadržaj

Preliminarni rezultati sekvenciranja virusa u Hrvatskoj NE potvrđuju pronalazak brzomutirajućeg soja iz Engleske!

Interdisciplinarni projekt okupio je tim od preko dvadeset istraživača i stručnjaka koji pokrivaju interdisciplinarni pristup, od kliničkih znanosti pa sve do računalne biologije.
5.1.2021.

Interdisciplinarni tim znanstvenika i liječnika sekvencirao je oko šezdeset uzoraka virusa SARS-CoV-2, prikupljenih u Zagrebu i na sjeveru Hrvatske, i to u Varaždinu i Čakovcu, koji su izolirani tijekom drugog vala pandemije koronavirusa. U istraživanju su sudjelovali i znanstvenici s Instituta Ruđer Bošković.

Preliminarni rezultati sekvenciranja virusa u Hrvatskoj NE potvrđuju pronalazak brzomutirajućeg soja iz Engleske!

Riječ je o prvim rezultatima istraživanja u sklopu projekta 'Varijabilnost sojeva koronavirusa SARS-CoV-2 i genetička podloga domaćina kao biomarkeri za otkrivanje čimbenika rizika tijekom pandemije COVID-19', koji je s 1,5 milijuna kuna financirala Hrvatska zaklada za znanost (HrZZ) u sklopu natječaja IP-CORONA-2020-04.

Projekt kojeg vodi prof. dr. sc. Kristian Vlahoviček sa Prirodoslovno-matematičkog fakulteta (PMF) Sveučilišta u Zagrebu ima za cilj ustanoviti povezanost genetičke podloge virusa i domaćina s razvojem težih oblika bolesti COVID-19. Također, zbog velike javnozdravstvene važnosti praćenja virusnih mutacija, resursi projekta mobilizirani su kako bi se u što kraćem vremenu provjerilo postoje li u Hrvatskoj sojevi virusa koji su povezani s bržim širenjem i većom zaraznošću.

Uzorci su prikupljani tijekom početka drugog vala pandemije u Hrvatskoj, u razdoblju od kolovoza do studenog. Također, posredstvom HZJZ-a, pribavljeni su uzorci sa sjevera Hrvatske prikupljeni početkom prosinca, kada je na tom području uočeno brzo širenje virusa i znatno povećanje broja oboljelih.

Za potrebe realizacije prve faze projekta, koja će trajati do kraja 2021. godine, istraživački tim prikupio je već preko 120 uparenih uzoraka virusa i krvi pacijenata, a do sada su završeni rezultati analize virusnih genoma izoliranih iz oko šezdeset pacijenata. Najveći broj uzoraka prikupila je i obradila dr. sc. Ana Livun iz KB Dubrava. Uzorke sa sjevera Hrvatske prikupili su dr. sc. Ivan Christian Kurolt i dr. sc. Lidija Cvetko Krajinović iz Klinike za infektivne bolesti “Dr. Fran Mihaljević”.

Doc. dr. sc. Vjekoslav Tomaić iz Laboratorija za molekularnu virologiju s Instituta Ruđer Bošković (IRB) je iz predloška virusnih RNA pomoću reverzne transkripcije sintetizirao komplementarnu virusnu DNA, a dr. sc. Robert Belužić iz Laboratorija za naprednu genomiku s IRB-a je 'popularnom' PCR metodom umnožio cjelokupne genome virusa u formi kraćih preklapajućih fragmenata.

Na takve fragmente se, korištenjem specifičnih enzima, dodaju tzv. molekularni barkodovi, odnosno identifikatori koji omogućavaju paralelno sekvenciranje velikog broja uzoraka. Ovako pripremljeni fragmenti DNA poslani su u Centar za forenzička ispitivanja, istraživanja i vještačenja "Ivan Vučetić" gdje je sekvenciranje radila dr. sc. Marina Korolija.

Sklapanje i analizu virusnih genoma te odrađivanje prisutnih mutacija proveli su članovi Grupe za bioinformatiku sa zagrebačkog PMF-a doktorandice Dunja Glavaš i Paula Štancl, te dr. sc. Maja Kuzman,  dr. sc. Lucija Markulin i dr. sc. Rosa Karlić, a pod vodstvom prof. Vlahovičeka.

''Dobra je vijest da u svih šezdesetak analiziranih uzoraka nismo pronašli niti jedan koji bi odgovarao brzoširećem soju pronađenom u Engleskoj u studenome 2020. To, naravno, ne znači da ovaj soj nije prisutan u Hrvatskoj, ali je u ovome trenutku vjerojatnost da je dominantan razmjerno mala.

Međutim, u oko 30% uzoraka pronašli smo mutacije koje odgovaraju varijanti virusa pronađenoj u Škotskoj tijekom kolovoza i za koju je također uočeno da se širi brže od virusa pronađenog u ranoj fazi izbijanja epidemije. Radi se o mutaciji u proteinu šiljku (spike) na položaju 439, tzv N439K. Dok smo tu mutaciju uočili u tek 10% uzoraka s početka drugog vala, ona je prisutna u oko 30% uzoraka iz studenog i prosinca, a zastupljenija je u pacijentima sa sjevera naspram zagrebačkih.

Za ovu mutaciju nisu utvrđene poveznice s razvojem težih simptoma, već isključivo bržem širenju virusne infekcije“, napominje prof. Vlahoviček, te dodaje "U drugom valu dominantni sojevi GV i GR, izvedeni iz skupine G. Ovi su se sojevi svijetom počeli širiti u travnju i svibnju ove godine, a trenutno predstavljaju najzastupljeniji oblik virusa za koje je karakteristično da se brže šire od originalnog soja iz Wuhana. Mi soj GV nismo pronašli u uzorcima iz Hrvatske, dok soj GR uočavamo u više od 75% svih sekvenciranih uzoraka s početka drugog vala i 25% uzoraka prikupljenih u studenom i prosincu. Ostali uzorci većinom spadaju u skupinu G, koja je bila dominantna u Europi i u prvome valu“.

''Posljednji uzorci su nam pristigli prije svega desetak dana, i ovaj projekt je primjer kako je grupa izuzetno motiviranih znanstvenika i liječnika u stanju vrlo brzo odgovoriti na najzahtjevnije zadatke. Mnogi suradnici su proveli božićne i novogodišnje praznike u laboratorijima pripremajući uzorke i sekvencirajući virusne sojeve. Ovi rezultati su preliminarni, i nastavit ćemo s njihovom analizom, a usporedno prikupljamo i nove uzorke kroz koje ćemo osim primarnog cilja projekta, pratiti i dinamiku mutacija virusa na području Hrvatske'', zaključuje prof. Vlahoviček.

Ovaj interdisciplinarni projekt okupio je tim od preko dvadeset istraživača i stručnjaka koji pokrivaju interdisciplinarni pristup, od kliničkih znanosti pa sve do računalne biologije. Uz kliničare i znanstvenike s PMF-a, IRB-a i Centra za forenzična ispitivanja, istraživanja i vještačenja "Ivan Vučetić" projektni tim čine i ugledni istraživači s Medicinskog fakulteta, Fakulteta elektrotehnike i računarstva i Farmaceutsko-biokemijskog fakulteta u Zagrebu, a u projekt su uključeni i međunarodni stručnjaci iz talijanske regije Friuli Venezia Giulia, kao i suradnici iz dijaspore s njemačkog Sveučilišta u Tübingenu.

Kontaktirajte nas

Ova stranica koristi kolačiće

neki od tih kolačića nužni su za ispravno funkcioniranje stranice, dok se drugi koriste za praćenje korištenja stranice radi poboljšanja korisničkog iskustva.

Za više informacija pogledajte naše uvjete korištenja.

  • Kolačići koji su nužni za ispravno funkcioniranje stranice. Moguće ih je onemogućiti u postavkama preglednika.