Prijeđite na glavni sadržaj

Što dobijete kada spojite računarstvo visokih performansi s jednim zanemarenim virusom?

Objavljen članak u časopisu "Advanced Theory and Simulations": "Insights into the Dynamics and Binding Mechanisms of the Alkhumra Virus NS2B/NS3 Protease: A Molecular Dynamics Study"
16.10.2025.
Što dobijete kada spojite računarstvo visokih performansi s jednim zanemarenim virusom?

Insights into the Dynamics and Binding Mechanisms of the Alkhumra Virus NS2B/NS3 Protease: A Molecular Dynamics Study

Što dobijete kada spojite računarstvo visokih performansi s jednim zanemarenim virusom?
Duboko zaranjanje u molekularnu dinamiku — i možda, samo možda, nacrt za buduće antivirusne lijekove.

Naš najnoviji rad, objavljen u časopisu Advanced Theory and Simulations, istražuje proteazu NS2B/NS3 virusa Alkhumra (ALKV) — rijetkog flavivirusa koji se prenosi krpeljima i uzrokuje hemoragijsku groznicu kod ljudi.

"Nije, doduše, na popisu prioriteta velike farmaceutske industrije. No, zahvaljujući snazi HPC-a, ovom smo zanemarenom virusu dali pažnju koju zaslužuje", kažu Jurica Novak (Centar za informatiku i računarstvo, Institut Ruđer Bošković, Croatia) i suradnici Shivananda Kandagalla i Ramesh Sistla (thinkMolecular Technologies, India).

Pomoću simulacija molekularne dinamike na razini svih atoma i proračuna slobodne energije otkrili smo:

  • Kako kofaktor NS2B „ukroćuje” divlju fleksibilnost proteaze NS3 
  • Ključne interakcije koje upravljaju vezanjem proteaze i kofaktora (nije magija — to je elektrostatska sila)
  • Učinak protonacije katalitičke trijade na geometriju aktivnog mjesta 
  • A da, ispitali smo i potencijalne inhibitore iz baze DrugBank — jer zašto ne pokušati nadmudriti prirodu uz malo prenamjene?

Ova studija nije samo o jednom virusu. To je dokaz koncepta kako računalna znanost — a posebno HPC — može unaprijediti otkrivanje lijekova za bolesti koje ne pune naslovnice (niti donose profit).

Jer neki su problemi jednostavno prevažni da bi ih se ignoriralo, čak i ako nisu tržišno isplativi.

Pročitajte rad: https://doi.org/10.1002/adts.202401406
Naslov: Insights into the Dynamics and Binding Mechanisms of the Alkhumra Virus NS2B/NS3 Protease: A Molecular Dynamics Study

Istraživanje je podržala Hrvatska zaklada za znanost (IP-2022-4658), a provedeno je uz pomoć superračunala Supek pri SRCE-u, Sveučilište u Zagrebu.