Temeljni istraživački program laboratorija zasniva se na istraživačkom ugovoru s Ministarstvom znanosti, obrazovanja isporta a njegova misija je doprinijeti u sljedećim aktivnostima:

• primjeni znanja u razvoju novih metoda i tehnika za istraživanje i monitoring kvalitete vode i zraka.
• definiranju uloge organske tvari u fizičkim i biogeokemijskim procesima u prirodnim vodama i na prirodnim granicama faza te njihovu interakciju s ionima metala povezano s eutrofikacijskim procesima, na raznim lokalitetima u priobalnom (pojava “cvjetanja mora” u Jadranskom moru) i kopnenom dijelu RH (riječni slivovi, jezera, nacionalni parkovi).
• istraživanju i karakterizaciji organske tvari u uzorcima atmosfere (padavine i aerosoli) sakupljenim nakopnenom i obalnom dijelu Hrvatske, povezano s procesima izmjene tvari izagađivala na granici faza atmosfera-more i globalnim promjenama klime.
• određivanju, raspodjeli i specijaciji važnijih anorganskih i organskih reduciranih sumpornih spojeva uoksično-anoksičnim sredinama s obzirom na otopljenu i koloidalnu, partikularnu fazu te istraživanju interakcije sumpornih vrsta s ionima metala te ponašanju nastalih vrsta metalnih sulfida.