Prijeđite na glavni sadržaj

(Epi)genomika i transkriptomika eukromatinskih satelitnih DNA u embriogenezi i razvoju

Glavni istraživač

Tip projekta
Znanstveno-istraživački projekti
Program
Istraživački projekti
Financijer
Hrvatska zaklada za znanost
Datum početka
15.2.2020.
Datum završetka
14.2.2024.
Status
Aktivan
Ukupan iznos financiranja projekta
997600 HRK
Više informacija

Satelitne DNA (satDNAs) su visoko zastupljene, uzastopno ponovljene, nekodirajuće DNA, uglavnom smještene u (peri)centromernom heterochromatinu koje imaju ključnu ulogu u centromernoj funkciji. Postoje dokazi da su ta područja aktivno transkribirana, a transkripti su uključeni u formiranje heterohromatina, stresu i malignoj transformaciji. Novije studije također pokazuju postojanje različitih satDNA i u eukromatinu mnogih vrsta, ali podaci o njihovoj biološkoj ulozi u potpunosti nedostaju. Naša prethodna studija na modelnom organizmu, kukca Tribolium castaneum pokazala je postojanje devet vrlo zastupljenih satDNA (Cast1-Cast9) koji se nalaze isključivo u eukromatinskim regijama. Iako su satDNA, Cast1-Cas9, nisko zastupljene u sekvenciranom referentnom genomu vrste T. castaneum, kvantitativna analiza otkrila je da ove satDNA predstavljaju značajan udio, čak 5% genoma. Naši neobjavljeni rezultati ukazuju na transkripcijski potencijal i epigenetski status ovih satDNA koji govore u prilog njihovoj ''eukromatičnoj'' prirodi. Njihova zastupljenost u genomu, transkripcijski potencijal i moguća distribucija u blizini gena čine eukromatinske satDNA privlačnim za istraživanje. Stoga, da bismo stekli uvid u evolucijske trendove i biološku važnost eukromatinskih satDNA kod vrste T. castaneum, dva glavna cilja projekta biti će: 1) otkriti evolucijsku dinamiku eukromatinskih satDNA te otkriti gene u blizini nizova satDNA, što ćemo postići sekvenciranjem genoma dugim očitanjima nanopora i slaganjem Cast1-Cast9 u referentni genom i 2) utvrđivanje njihove funkcionalna uloge, istraživanjem transkripcijskijskog potencijala, epigenetske regulacije i utjecaja na ekspresiju gena u blizini tijekom embriogeneze i razvoja. Vrsta T. castaneum predstavlja izniman model za postizanje predloženih ciljeva, jer ima anotiran genom, jasno definirane razvojne faze, temeljito istraženu embriogenezu i razvojne faze mozga te tako omogućuje funkcionalnu procjenu transkriptoma eukromatinskih satDNA.

Ova stranica koristi kolačiće. Neki od tih kolačića nužni su za ispravno funkcioniranje stranice, dok se drugi koriste za praćenje korištenja stranice radi poboljšanja korisničkog iskustva. Za više informacija pogledajte naše uvjete korištenja.

Prilagodi postavke
  • Kolačići koji su nužni za ispravno funkcioniranje stranice. Moguće ih je onemogućiti u postavkama preglednika.