Prijeđite na glavni sadržaj

Rasvjetljavanje evolucije satelitnih DNA visokoprotočnim analizama satelitoma srodnih vrsta

Glavni istraživač

Tip projekta
Znanstveno-istraživački projekti
Program
Istraživački projekti
Financijer
Hrvatska zaklada za znanost
Datum početka
15.3.2020.
Datum završetka
14.3.2024.
Status
Aktivan
Ukupan iznos financiranja projekta
999100 HRK
Više informacija

Uzastopno ponovljene sekvence DNA, poznate kao satelitne DNA (satDNA), najčešće smještene u heterokromatinskim regijama, čine značajne dijelove eukariotskih genoma. Desetljećima je biološka važnost satDNA bila osporavana prvenstveno zbog njihove nekodirajuće prirode, ali u novije vrijeme otkriva se značajna uloga satDNA u strukturi centromera, remodeliranju kromatina, specijacijskim procesima, kao i u tumorogenezi. Zbog uzastopne ponovljenosti ove sekvence DNA mahom su izostavljene u genomskim projektima. U posljednjih nekoliko godina, visokoprotočno sekvenciranje i pripadajući specijalizirani računalni alati stubokom mijenjaju studije satDNA, omogućavajući otkrivanje ukupnog sadržaja satDNA u genomu, nazvanog satelitom. Glavni cilj našeg projekta je istražiti satelitome dviju skupina beskralješnjaka: (i) kukaca roda Tribolium, čije genome karakteriziraju iznimno bogate satDNA smještene u velikim heterokromatinskim domenama te (ii) školjkaša, za koje je poznato da imaju nizak udio satDNA te kromosome bez velikih heterokromatinskih blokova. U svrhu istraživanja satelitoma osam vrsta, kombinirajući Illumina i PacBio sekvenciranje s različitim eksperimentalnim metodama, proučit ćemo: (i) vrsno-specifične i grupno-specifične satDNA, (ii) dinamiku i kromosomsku distribuciju satDNA sekvenci, (iii) organizacijske obrasce satDNA sljedova, (iv) postojanje i očuvanost potencijalno funkcionalnih motiva u sekvencama satDNA, (v) sličnosti i povezanost satDNA s mobilnim elementima. Očekujemo da ćemo sveobuhvatnim istraživanjem satelitoma dviju različitih skupina beskralješnjaka i usporednom analizom dobivenih podataka unaprijediti trenutne spoznaje o strukturi i evoluciji satDNA, uključujući životni ciklus, porijeklo i sudbinu, kao i moguće mehanizme nastanka i širenja uzastopnih ponavljanja te razjasniti veze između satDNA i mobilnih elemenata.

Ova stranica koristi kolačiće. Neki od tih kolačića nužni su za ispravno funkcioniranje stranice, dok se drugi koriste za praćenje korištenja stranice radi poboljšanja korisničkog iskustva. Za više informacija pogledajte naše uvjete korištenja.

Prilagodi postavke
  • Kolačići koji su nužni za ispravno funkcioniranje stranice. Moguće ih je onemogućiti u postavkama preglednika.