Pojava anoksije u cijelom vodenom stupcu jezera je prirodni proces koji se javlja u nepravilnim vremenskim intervalima ovisno o vremenskim prilikama. Pogoduju mu ekstremni vremenski uvjeti, poput naglog pada temperature atmosfere koja naglo ohladi slani površinski sloj vode koja tone i miješa se s vodom bogatom sulfidom.

Prilikom miješanja dolazi do oksidacije sulfida i stvaranje polisulfida i elementarnog sumpora koji se uslijed visoke koncentracije i slabe topljivosti pojavljuje u koloidnoj formi, odnosno taloži u vodenom stupcu, te je stoga površina jezera mliječno žute boje.

Oporavak jezera je dugotrajan, pogotovo sto se tiče biologije, dok se kemijski procesi više manje vrate na staro u roku od nekih mjesec dana. Biološki, prema našim dosadašnjim istraživanjima, potrebno je i do nekoliko godina kako bi se jezero oporavilo, no tada dolazi do ponovnog miješanja.

Od kada istražujemo jezero, takvo naglo miješanje i pojava anoksije u cijelom vodenom stupcu zabilježena je tri puta u rujnu 1997, listopadu 2011 te u listopadu 2016. Nijedan događaj nije povezan  s potresom, već samo klimatskim prilikama ili neprilikama.

Također, prema našim mjerenjima i modelu miješanja u jezeru, jezero osjeća klimatske promjene jer je od 1992. pa do danas porasla temperatura u površinskom sloju za gotovo 2 stupnja odnosno raste 1.7oC/10 god. što utječe na biljni i životinjski svijet u njemu.

Laboratorij je u periodu od 1992. godine do danas publicirao 30-tak znanstvenih radova i sudjelovao na 10-tak međunarodnih projekata na temi Rogozničko jezera. Trenutno vodimo projekt Hrvatske zaklade za znanost „HRZZ Sulpfur and carbon dynamics in the marine and freshwater environment“ koji se bavi istraživanjem jezera, a u izradi su trenutno 3 doktorata (2 mlade osobe iz Šibenika, morska postaja Martinska) koja se bave biogeokemijskim procesima u jezeru.

Od nedavno pratimo i kvalitetu zraka u blizini jezera uzorkovanjem aerosola, a u provedbi gore navedenih projekta i istraživanjima na samom jezeru pomaže nam Marina Frapa.