Samostalni odjel za sigurnost, zaštitu i skladištenje obavlja poslove vezane uz sigurnost te tjelesnu i tehničku zaštitu osoba i imovine, provodi kontrolu ulaska u Institut te izlaska iz Instituta, organizira rad skladišta, obavlja poslove zaprimanja i izdavanja robe u skladištu, održavanja urednosti skladišta i kvalitete skladištenja robe, poslove prijevoza osoba i tereta, održavanja transportnih vozila, kao i druge poslove iz svoga djelokruga.