dr. sc. Ksenija Zahradka
Bijenička cesta 54
HR-10000 Zagreb
Obrazovanje
1991 Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, dipl. inž. biologije (molekularna biologija)
1994 Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, magistar prirodnih znanosti (molekularna i stanična biologija)
1999 Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, doktor prirodnih znanosti (biologija)
2002 Medicinski fakultet Necker, Sveučilište René Descartes, Pariz, Francuska, poslijedoktorsko usavršavanje (molekularna genetika bakterija, grupa prof. M. Radmana)
Projekti
2014-2018 "Rekombinacija, popravak DNA i očuvanje integriteta genoma: novi putevi" (IP-11-2013-2978), Hrvatska zaklada za znanost (suradnica)
2011-2015 "Biologija robusnosti", Mediteranski institut za istraživanje života (suradnica)
2007-2013 "Molekularni mehanizmi rekombinacije i popravka DNA" (098-0982913-2862), Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta RH (suradnica)
2007-2010 "Život u ekstremnim uvjetima", Mediteranski institut za istraživanje života (suvoditeljica)
Nagrade i priznanja
2007 Državna godišnja nagrada za znanost, za znanstveno otkriće u području prirodnih znanosti
2006 Nagrada za znanstvenu izvrsnost, Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta RH
2002 Stipendija Instituta Necker (za poslijedoktorsko usavršavanje), Pariz, Francuska
Nastava
Kolegij “Genetička rekombinacija i popravak DNA”, Poslijediplomski doktorski studij biologije, Prirodoslovno-matematički fakultet, Sveučilište u Zagrebu (suvoditeljica)
Kolegij “Mehanizmi oštećenja i popravka DNA”, Interdisciplinarni doktorski studij "Molekularne bioznanosti", Sveučilište u Osijeku, Sveučilište u Dubrovniku i IRB Zagreb (suvoditeljica)
Istaknute publikacije
Repar, J., Zahradka, D., Sović, I., Zahradka, K. (2021) Characterization of gross genome rearrangements in Deinococcus radiodurans recA mutants. Sci Rep. 11: 10939. doi: 10.1038/s41598-021-89173-9
Buljubašić, M., Hlevnjak, A., Repar, J., Đermić, D., Filić, V., Weber, I., Zahradka, K., Zahradka, D. (2019) RecBCD- RecFOR-independent pathway of homologous recombination in Escherichia coli. DNA Repair 83: 102670. doi: 10.1016/j.dnarep.2019.102670
Repar, J., Supek, F., Klanjscek, T., Warnecke, T., Zahradka, K., Zahradka, D. (2017) Elevated rate of genome rearrangements in radiation-resistant bacteria. Genetics 205: 1677-1689.
Buljubašić, M., Zahradka, D., Zahradka, K. (2013) RecQ helicase acts before RuvABC, RecG and XerC proteins during recombination in recBC sbcBC mutants of Escherichia coli. Res. Microbiol. 164: 987-997.
Buljubašić, M., Repar, J., Zahradka, K., Đermić, D., Zahradka, D. (2012) RecF recombination pathway in Escherichia coli cells lacking RecQ, UvrD and HelD helicases. DNA Repair 11: 419-430.
Repar, J., Cvjetan, S., Slade, D., Radman, M., Zahradka, D., Zahradka, K. (2010) RecA protein assures fidelity of DNA repair and genome stability in Deinococcus radiodurans. DNA Repair 9: 1151-1161.
Zahradka, K., Buljubašić, M., Petranović, M., Zahradka, D. (2009) Roles of ExoI and SbcCD nucleases in "reckless" DNA degradation in recA mutants of Escherichia coli. J. Bacteriol. 191: 1677-1687.
Petranovic, D., Michelsen, O., Zahradka, K., Silva, C., Petranovic, M., Jensen, P. R., Mijakovic, I. (2007) Bacillus subtilis strain deficient for the protein-tyrosine kinase PtkA exhibits impaired DNA replication. Mol. Microbiol. 63: 1797-1805.
Zahradka, K., Slade, D., Bailone, A., Sommer, S., Averbeck, D., Petranovic, M., Lindner, A. B., Radman, M. (2006) Reassembly of shattered chromosomes in Deinococcus radiodurans. Nature 443: 569-573.
Zahradka, K., Šimić, S., Buljubašić, M., Petranović, M., Đermić, D., Zahradka, D. (2006) sbcB15 and delsbcB mutations activate two types of RecF recombination pathway in Escherichia coli. J. Bacteriol. 188: 7562-7571.
Publikacije
Knjige i poglavlja u knjigama
Poglavlja u knjigama
-
Zahradka, K. & Zahradka, D. (2013) Reckless DNA Degradation. U: Maloy, S. & Hughes, K. (ur.) Brenner's Encyclopedia of Genetics (2nd ed.). San Diego, Academic Press, str. 72-74 doi:10.1016/B978-0-12-374984-0.01272-9.
doi Zahradka, K. (2007) Izdvajanje DNA bakteriofaga. U: Ambriović Ristov, A., Brozović, A., Bruvo Mađarić, B., Ćetković, H., Herak Bosnar, M., Hranilović, D., Katušić Hećimović, S., Meštrović Radan, N., Mihaljević, S., Slade, N. & Vujaklija, D. (ur.) Metode u molekularnoj biologiji. Zagreb, Institut Ruđer Bošković, str. 171-174.
Zahradka, D. & Zahradka, K. (2007) Prijenos gena transdukcijom pomoću faga P1. U: Ambriović Ristov, A., Brozović, A., Bruvo Mađarić, B., Ćetković, H., Herak Bosnar, M., Hranilović, D., Katušić Hećimović, S., Meštrović Radan, N., Mihaljević, S., Slade, N. & Vujaklija, D. (ur.) Metode u molekularnoj biologiji. Zagreb, Institut Ruđer Bošković, str. 919-922.
Zahradka, K. (2007) Elektroforeza DNA u promjenjivom električnom polju (PFGE). U: Ambriović Ristov, A., Brozović, A., Bruvo Mađarić, B., Ćetković, H., Herak Bosnar, M., Hranilović, D., Katušić Hećimović, S., Meštrović Radan, N., Mihaljević, S., Slade, N. & Vujaklija, D. (ur.) Metode u molekularnoj biologiji. Zagreb, Institut Ruđer Bošković, str. 206-209.
Zahradka, K. (2007) Izdvajanje visokomolekularne genomske DNA za elektroforezu u promjenjivom električnom polju (PFGE). U: Ambriović Ristov, A., Brozović, A., Bruvo Mađarić, B., Ćetković, H., Herak Bosnar, M., Hranilović, D., Katušić Hećimović, S., Meštrović Radan, N., Mihaljević, S., Slade, N. & Vujaklija, D. (ur.) Metode u molekularnoj biologiji. Zagreb, Institut Ruđer Bošković, str. 189-191.
Zahradka, K. (2007) Izdvajanje genomske DNA iz bakterija. U: Ambriović Ristov, A., Brozović, A., Bruvo Mađarić, B., Ćetković, H., Herak Bosnar, M., Hranilović, D., Katušić Hećimović, S., Meštrović Radan, N., Mihaljević, S., Slade, N. & Vujaklija, D. (ur.) Metode u molekularnoj biologiji. Zagreb, Institut Ruđer Bošković, str. 141-143.
Radovi u časopisima
Znanstveni i pregledni radovi
-
Zahradka, K., Repar, J., Đermić, D. & Zahradka, D. (2023) Chromosome Segregation and Cell Division Defects in Escherichia coli Recombination Mutants Exposed to Different DNA-Damaging Treatments. Microorganisms, 11 (3), 11030701, 30 doi:10.3390/microorganisms11030701.
doiwww.mdpi.com -
Repar, J., Zahradka, D., Sović, I. & Zahradka, K. (2021) Characterization of gross genome rearrangements in Deinococcus radiodurans recA mutants. Scientific reports, 11 (1), 10939, 11 doi:10.1038/s41598-021-89173-9.
doiwww.nature.comdoi.orgfulir.irb.hr -
Buljubašić, M., Hlevnjak, A., Repar, J., Đermić, D., Filić, V., Weber, I., Zahradka, K. & Zahradka, D. (2019) RecBCD- RecFOR-independent pathway of homologous recombination in Escherichia coli. DNA repair, 83, 102670, 16 doi:10.1016/j.dnarep.2019.102670.
doi -
Feliciello, I., Zahradka, D., Zahradka, K., Ivanković, S., Puc, N. & Đermić, D. (2018) RecF, UvrD, RecX and RecN proteins suppress DNA degradation at DNA double-strand breaks in Escherichia coli. Biochimie, 148, 116-126 doi:10.1016/j.biochi.2018.03.005.
doi -
Repar, J., Supek, F., Klanjšček, T., Warnecke, T., Zahradka, K. & Zahradka, D. (2017) Elevated rate of genome rearrangements in radiation-resistant bacteria. Genetics, 205 (4), 1677-1689 doi:10.1534/genetics.116.196154.
doi -
Repar, J., Šućurović, S., Zahradka, K., Zahradka, D. & Ćurković-Perica, M. (2013) Stress resistance of Escherichia coli and Bacillus subtilis is modulated by auxins. Canadian journal of microbiology, 59 (11), 766-770 doi:10.1139/cjm-2013-0266.
doi -
Buljubašić, M., Zahradka, D. & Zahradka, K. (2013) RecQ helicase acts before RuvABC, RecG and XerC proteins during recombination in recBCD sbcBC mutants of Escherichia coli. Research in microbiology, 164 (10), 987-997 doi:10.1016/j.resmic.2013.08.008.
doi -
Repar, J., Zahradka, D. & Zahradka, K. (2013) Accuracy of genome reassembly in gamma-irradiated Escherichia coli. Food technology and biotechnology, 51 (3), 327-337.
fulir.irb.hr -
Repar, J., Briški, N., Buljubašić, M., Zahradka, K. & Zahradka, D. (2013) Exonuclease VII is involved in "reckless" DNA degradation in UV-irradiated Escherichia coli. Mutation research. Genetic toxicology and environmental mutagenesis, 750 (1/2), 96-104 doi:10.1016/j.mrgentox.2012.10.005.
doi -
Buljubašić, M., Repar, J., Zahradka, K., Đermić, D. & Zahradka, D. (2012) RecF recombination pathway in Escherichia coli cells lacking RecQ, UvrD and HelD helicases. DNA repair, 11 (4), 419-430 doi:10.1016/j.dnarep.2012.01.011.
doi -
Repar, J., Cvjetan, S., Slade, D., Radman, M., Zahradka, D. & Zahradka, K. (2010) RecA protein assures fidelity of DNA repair and genome stability in Deinococcus radiodurans. DNA repair, 9 (11), 1151-1161 doi:10.1016/j.dnarep.2010.08.003.
doi -
Zahradka, K., Buljubašić, M., Petranović, M. & Zahradka, D. (2009) Roles of ExoI and SbcCD nucleases in "reckless" DNA degradation in recA mutants of Escherichia coli. Journal of bacteriology, 191 (5), 1677-1687 doi:10.1128/JB.01877-07.
doijb.asm.org -
Petranović, D., Michelsen, O., Zahradka, K., Silva, C., Petranović, M., Jensen, P. & Mijaković, I. (2007) Bacillus subtilis strain deficient for the protein-tyrosine kinase PtkA exhibits impaired DNA replication. Molecular microbiology, 63 (6), 1797-1805 doi:10.1111/j.1365-2958.2007.05625.x.
doionlinelibrary.wiley.com -
Zahradka, K., Slade, D., Bailone, A., Sommer, S., Averbeck, D., Petranović, M., Lindner, A. & Radman, M. (2006) Reassembly of shattered chromosomes in Deinococcus radiodurans. Nature, 443, 569-573 doi:10.1038/nature05160.
doiwww.nature.com -
Zahradka, K., Šimić, S., Buljubašić, M., Petranović, M., Đermić, D. & Zahradka, D. (2006) sbcB15 and delsbcB mutations activate two types of RecF recombination pathway in Escherichia coli. Journal of bacteriology, 188 (21), 7562-7571 doi:10.1128/JB.00613-06.
doi Zahradka, K., Zahradka, D., Đermić, D., Džidić, S. & Petranović, M. (2002) The inactivation of free phages in UV-irradiated Escherichia coli. Periodicum Biologorum, 104 (4), 399-403.
Zahradka, D., Zahradka, K., Džidić, S., Đermić, D. & Petranović, M. (2002) The rus-1 mutation suppresses cytological defects in recBC sbcBC ruv mutants of Escherichia coli. Periodicum Biologorum, 104 (4), 389-397.
-
Zahradka, D., Zahradka, K., Petranović, M., Đermić, D. & Brčić-Kostić, K. (2002) The RuvABC resolvase is indispensable for recombinational repair in sbcB15 mutants of Escherichia coli. Journal of bacteriology, 184 (15), 4141-4147 doi:10.1128/JB.184.15.4141-4147.2002.
doi -
Petranović, M., Zahradka, K., Zahradka, D., Petranović, D., Nagy, B., Salaj-Šmic, E. & Petranović, D. (2001) Genetic evidence that the elevated levels of Escherichia coli helicase II antagonize recombinational DNA repair. Biochimie, 83 (11-12), 1041-1047 doi:10.1016/S0300-9084(01)01346-3.
doi -
Paškvan, I., Salaj-Šmic, E., Ivančić-Baće, I., Zahradka, K., Trgovčević, Ž. & Brčić-Kostić, K. (2001) The genetic dependence of RecBCD-Gam mediated double strand end repair in Escherichia coli. FEMS microbiology letters, 205 (2), 299-303 doi:10.1111/j.1574-6968.2001.tb10964.x.
doiacademic.oup.com -
Zahradka, K., Zahradka, D. & Petranović, M. (2001) Loss of lambda prophage recombinogenicity in UV-irradiated Escherichia coli : the role of host genes ruvA, ruvB, ruvC and recG. Research in microbiology, 152 (10), 873-881 doi:10.1016/S0923-2508(01)01270-0.
doi -
Vlahović, K., Petranović, M., Zahradka, D. & Petranović, D. (2000) Progressive loss of lambda prophage recombinogenicity in UV-irradiated Escherichia coli : the role of RecBCD enzyme. Research in microbiology, 151 (9), 727-738 doi:10.1016/S0923-2508(00)01138-4.
doi Petranović, M., Vlahović, K., Zahradka, D., Džidić, S. & Radman, M. (2000) Mismatch repair in Xenopus egg extracts is not strand-directed by DNA methylation. Neoplasma, 47 (6), 375-381.
-
Zahradka, D., Vlahović, K., Petranović, M. & Petranović, D. (1999) Chromosome segregation and cell division defects in recBC sbcBC ruvC mutants of Escherichia coli. Journal of bacteriology, 181 (19), 6179-6183 doi:10.1128/JB.181.19.6179-6183.1999.
doi Vlahović, K., Petranović, M., Zahradka, D. & Petranović, D. (1998) Effects of ruv and recG mutations on lambda prophage thermoinducibility in UV-irradiated Escherichia coli. Periodicum biologorum, 100 (3), 383-388.
Ocjenski radovi
Doktorske disertacije
Vlahović, K. (1999) 'Genetička analiza rekombinogenosti profaga lambda u ozračenim bakterijama Escherichia coli', doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb.
Članstva u profesionalnim udrugama / društvima
- European Environmental Mutagenesis and Genomics Society (EEMGS): 2015-2019 hrvatski delegat
- Hrvatsko genetičko društvo: 2019-2022 tajnica; od 2022. dopredsjednica
- Hrvatsko mikrobiološko društvo
- Hrvatsko društvo za biokemiju i molekularnu biologiju
- predsjednica Zakladnog vijeća programa "Znanje i otkrića" Zaklade Adris (od 2015.)
- članica Znanstvenog vijeća Mediteranskog instituta za istraživanje života (MedILS)
- zamjenica predsjednice Znanstvenog vijeća struke-biologija IRB-a (2016-2022)
Mentorstva
Voditeljica doktorskih disertacija:
Jelena Repar: "Točnost popravka DNA u stanicama bakterije Deinococcus radiodurans nakon gama-zračenja", Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 2012.
Svjetlana Cvjetan: "Kromosomski rearanžmani u ozračenim mrtvim stanicama bakterije Deinococcus radiodurans: uloga insercijskih sekvenci i proteina RecA", Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 2013.
Voditeljica diplomskih radova:
Sanela Šimić: "Učinak mutacija sbcB15 i ΔsbcB na rekombinacijski popravak molekule DNA kod recBC mutanata bakterije Escherichia coli", Farmaceutsko-biokemijski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 2006.
Marijana Vukić: "Genetička nestabilnost recA mutanata bakterije Deinococcus radiodurans", Farmaceutsko-biokemijski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 2010.
Lidija Dobša: "Popravak DNA u stacionarnim stanicama bakterije Deinococcus radiodurans", Farmaceutsko-biokemijski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 2010.
Ana Hleb:"Genomski rearanžmani u bakteriji Deinococcus radiodurans: uloga proteina RecG", Agronomski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 2018.
Organizacija znanstvenih skupova::
- 4th Congress of Croatian Geneticists with international participation, Krk, 2018. – članica Znanstvenog odbora
- 3rd Congress of Croatian Geneticists with international participation, Krk, 2012. – članica Znanstvenog odbora
- "Power of Microbes in Industry and Environment 2010" - Central European Symposium on Industrial Microbiology and Microbial Ecology, Malinska, 2010. - članica Organizacijskog odbora
- 10th International Summer School in Biophysics "Supramolecular Structure and Function", Rovinj, 2009. - članica Organizacijskog odbora i urednica Knjige sažetaka
- 10th Croatian Biological Congress with international participation, Osijek, 2009. – članica Znanstvenog i Organizacijskog odbora
- Znanstveni simpozij "50 godina molekularne biologije u Hrvatskoj", Zagreb, 2008. - predsjednica Organizacijskog odbora i urednica Knjige sažetaka
- 9th Croatian Biological Congress with international participation, Rovinj, 2006. –članica Znanstvenog odbora
- Znanstveni simpozij "45 godina molekularne biologije u Hrvatskoj i 50 godina dvostruke uzvojnice DNA", Zagreb, 2003. - članica Organizacijskog odbora
Pozvana predavanja na međunarodnim skupovima:
- HDBMB2008 – Congress of the Croatian Society of Biochemistry and Molecular Biology with International Participation, Osijek, 2008.; naslov: "DNA repair in radiation resistant bacterium Deinococcus radiodurans"
- MedILS Summer School 2008 "Life in Extreme Conditions", Split, 2008.; naslov: "Survival of Deinococcus radiodurans in extreme environments"
- 7th Symposium of the Croatian Radiation Protection Association with International Participation, Opatija, 2008.; naslov: "Deinococcus radiodurans - a radiation resistant bacterium"
- Power of Microbes in Industry and Environment 2007 - Central European Symposium on Industrial Microbiology and Microbial Ecology, Zadar, 2007.; naslov: "Survival of Deinococcus radiodurans in extreme conditions: genome restoration by recombination"
- MedILS Summer School 2007 “Surviving death – an interdisciplinary approach workshop“, Split, 2007. naslov: "DNA repair in Deinococcus radiodurans: surviving extreme life conditions"
- 9th Croatian Biological Congress with International Participation, Rovinj, 2006.; naslov: "DNA repair in Deinococcus radiodurans: from hundreds of fragments to the functional chromosomes"
- 1st Central European Forum for Microbiology (CEFORM), Keszthely, Mađarska, 2005.; naslov: "Deinococcus radiodurans: the most efficient DNA repair involves coupled replication and recombination processes"
- 3rd Croatian Congress of Microbiology with International Participation, Poreč, 2004.; naslov: "Reconstitution of Deinococcus radiodurans genome after gamma irradiation"
Patent: PCT/EP2006/005826 (10/05/2006) "Process for chromosomal engineering using a novel DNA repair system", inventori: M. Radman, K. Zahradka.