dr. sc. Ksenija Zahradka
Bijenička cesta 54
HR-10000 Zagreb
Obrazovanje
1991 Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, dipl. inž. biologije (molekularna biologija)
1994 Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, magistar prirodnih znanosti (molekularna i stanična biologija)
1999 Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, doktor prirodnih znanosti (biologija)
2002 Medicinski fakultet Necker, Sveučilište René Descartes, Pariz, Francuska, poslijedoktorsko usavršavanje (molekularna genetika bakterija, grupa prof. M. Radmana)
Projekti
2014-2018 "Rekombinacija, popravak DNA i očuvanje integriteta genoma: novi putevi" (IP-11-2013-2978), Hrvatska zaklada za znanost (suradnica)
2011-2015 "Biologija robusnosti", Mediteranski institut za istraživanje života (suradnica)
2007-2013 "Molekularni mehanizmi rekombinacije i popravka DNA" (098-0982913-2862), Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta RH (suradnica)
2007-2010 "Život u ekstremnim uvjetima", Mediteranski institut za istraživanje života (suvoditeljica)
Nagrade i priznanja
2007 Državna godišnja nagrada za znanost, za znanstveno otkriće u području prirodnih znanosti
2006 Nagrada za znanstvenu izvrsnost, Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta RH
2002 Stipendija Instituta Necker (za poslijedoktorsko usavršavanje), Pariz, Francuska
Nastava
Kolegij “Genetička rekombinacija i popravak DNA”, Poslijediplomski doktorski studij biologije, Prirodoslovno-matematički fakultet, Sveučilište u Zagrebu (suvoditeljica)
Kolegij “Mehanizmi oštećenja i popravka DNA”, Interdisciplinarni doktorski studij "Molekularne bioznanosti", Sveučilište u Osijeku, Sveučilište u Dubrovniku i IRB Zagreb (suvoditeljica)
Istaknute publikacije
Repar, J., Zahradka, D., Sović, I., Zahradka, K. (2021) Characterization of gross genome rearrangements in Deinococcus radiodurans recA mutants. Sci Rep. 11: 10939. doi: 10.1038/s41598-021-89173-9
Buljubašić, M., Hlevnjak, A., Repar, J., Đermić, D., Filić, V., Weber, I., Zahradka, K., Zahradka, D. (2019) RecBCD- RecFOR-independent pathway of homologous recombination in Escherichia coli. DNA Repair 83: 102670. doi: 10.1016/j.dnarep.2019.102670
Repar, J., Supek, F., Klanjscek, T., Warnecke, T., Zahradka, K., Zahradka, D. (2017) Elevated rate of genome rearrangements in radiation-resistant bacteria. Genetics 205: 1677-1689.
Buljubašić, M., Zahradka, D., Zahradka, K. (2013) RecQ helicase acts before RuvABC, RecG and XerC proteins during recombination in recBC sbcBC mutants of Escherichia coli. Res. Microbiol. 164: 987-997.
Buljubašić, M., Repar, J., Zahradka, K., Đermić, D., Zahradka, D. (2012) RecF recombination pathway in Escherichia coli cells lacking RecQ, UvrD and HelD helicases. DNA Repair 11: 419-430.
Repar, J., Cvjetan, S., Slade, D., Radman, M., Zahradka, D., Zahradka, K. (2010) RecA protein assures fidelity of DNA repair and genome stability in Deinococcus radiodurans. DNA Repair 9: 1151-1161.
Zahradka, K., Buljubašić, M., Petranović, M., Zahradka, D. (2009) Roles of ExoI and SbcCD nucleases in "reckless" DNA degradation in recA mutants of Escherichia coli. J. Bacteriol. 191: 1677-1687.
Petranovic, D., Michelsen, O., Zahradka, K., Silva, C., Petranovic, M., Jensen, P. R., Mijakovic, I. (2007) Bacillus subtilis strain deficient for the protein-tyrosine kinase PtkA exhibits impaired DNA replication. Mol. Microbiol. 63: 1797-1805.
Zahradka, K., Slade, D., Bailone, A., Sommer, S., Averbeck, D., Petranovic, M., Lindner, A. B., Radman, M. (2006) Reassembly of shattered chromosomes in Deinococcus radiodurans. Nature 443: 569-573.
Zahradka, K., Šimić, S., Buljubašić, M., Petranović, M., Đermić, D., Zahradka, D. (2006) sbcB15 and delsbcB mutations activate two types of RecF recombination pathway in Escherichia coli. J. Bacteriol. 188: 7562-7571.
Publikacije
Knjige i poglavlja u knjigama
Poglavlja u knjigama
-
Zahradka, K. & Zahradka, D. (2013) Reckless DNA Degradation. U: Maloy, S. & Hughes, K. (ur.) Brenner's Encyclopedia of Genetics (2nd ed.). San Diego, Academic Press, str. 72-74 doi:10.1016/B978-0-12-374984-0.01272-9.
doi Zahradka, K. (2007) Izdvajanje DNA bakteriofaga. U: Ambriović Ristov, A., Brozović, A., Bruvo Mađarić, B., Ćetković, H., Herak Bosnar, M., Hranilović, D., Katušić Hećimović, S., Meštrović Radan, N., Mihaljević, S., Slade, N. & Vujaklija, D. (ur.) Metode u molekularnoj biologiji. Zagreb, Institut Ruđer Bošković, str. 171-174.
Zahradka, D. & Zahradka, K. (2007) Prijenos gena transdukcijom pomoću faga P1. U: Ambriović Ristov, A., Brozović, A., Bruvo Mađarić, B., Ćetković, H., Herak Bosnar, M., Hranilović, D., Katušić Hećimović, S., Meštrović Radan, N., Mihaljević, S., Slade, N. & Vujaklija, D. (ur.) Metode u molekularnoj biologiji. Zagreb, Institut Ruđer Bošković, str. 919-922.
Zahradka, K. (2007) Elektroforeza DNA u promjenjivom električnom polju (PFGE). U: Ambriović Ristov, A., Brozović, A., Bruvo Mađarić, B., Ćetković, H., Herak Bosnar, M., Hranilović, D., Katušić Hećimović, S., Meštrović Radan, N., Mihaljević, S., Slade, N. & Vujaklija, D. (ur.) Metode u molekularnoj biologiji. Zagreb, Institut Ruđer Bošković, str. 206-209.
Zahradka, K. (2007) Izdvajanje visokomolekularne genomske DNA za elektroforezu u promjenjivom električnom polju (PFGE). U: Ambriović Ristov, A., Brozović, A., Bruvo Mađarić, B., Ćetković, H., Herak Bosnar, M., Hranilović, D., Katušić Hećimović, S., Meštrović Radan, N., Mihaljević, S., Slade, N. & Vujaklija, D. (ur.) Metode u molekularnoj biologiji. Zagreb, Institut Ruđer Bošković, str. 189-191.
Zahradka, K. (2007) Izdvajanje genomske DNA iz bakterija. U: Ambriović Ristov, A., Brozović, A., Bruvo Mađarić, B., Ćetković, H., Herak Bosnar, M., Hranilović, D., Katušić Hećimović, S., Meštrović Radan, N., Mihaljević, S., Slade, N. & Vujaklija, D. (ur.) Metode u molekularnoj biologiji. Zagreb, Institut Ruđer Bošković, str. 141-143.
Radovi u časopisima
Znanstveni i pregledni radovi
-
Repar, J., Zahradka, D., Sović, I. & Zahradka, K. (2021) Characterization of gross genome rearrangements in Deinococcus radiodurans recA mutants. Scientific reports, 11 (1), 10939, 11 doi:10.1038/s41598-021-89173-9.
doiwww.nature.comdoi.orgfulir.irb.hr -
Buljubašić, M., Hlevnjak, A., Repar, J., Đermić, D., Filić, V., Weber, I., Zahradka, K. & Zahradka, D. (2019) RecBCD- RecFOR-independent pathway of homologous recombination in Escherichia coli. DNA repair, 83, 102670, 16 doi:10.1016/j.dnarep.2019.102670.
doi -
Feliciello, I., Zahradka, D., Zahradka, K., Ivanković, S., Puc, N. & Đermić, D. (2018) RecF, UvrD, RecX and RecN proteins suppress DNA degradation at DNA double-strand breaks in Escherichia coli. Biochimie, 148, 116-126 doi:10.1016/j.biochi.2018.03.005.
doi -
Repar, J., Supek, F., Klanjšček, T., Warnecke, T., Zahradka, K. & Zahradka, D. (2017) Elevated rate of genome rearrangements in radiation-resistant bacteria. Genetics, 205 (4), 1677-1689 doi:10.1534/genetics.116.196154.
doi -
Repar, J., Šućurović, S., Zahradka, K., Zahradka, D. & Ćurković-Perica, M. (2013) Stress resistance of Escherichia coli and Bacillus subtilis is modulated by auxins. Canadian journal of microbiology, 59 (11), 766-770 doi:10.1139/cjm-2013-0266.
doi -
Buljubašić, M., Zahradka, D. & Zahradka, K. (2013) RecQ helicase acts before RuvABC, RecG and XerC proteins during recombination in recBCD sbcBC mutants of Escherichia coli. Research in microbiology, 164 (10), 987-997 doi:10.1016/j.resmic.2013.08.008.
doi -
Repar, J., Zahradka, D. & Zahradka, K. (2013) Accuracy of genome reassembly in gamma-irradiated Escherichia coli. Food technology and biotechnology, 51 (3), 327-337.
fulir.irb.hr -
Repar, J., Briški, N., Buljubašić, M., Zahradka, K. & Zahradka, D. (2013) Exonuclease VII is involved in "reckless" DNA degradation in UV-irradiated Escherichia coli. Mutation research. Genetic toxicology and environmental mutagenesis, 750 (1/2), 96-104 doi:10.1016/j.mrgentox.2012.10.005.
doi -
Buljubašić, M., Repar, J., Zahradka, K., Đermić, D. & Zahradka, D. (2012) RecF recombination pathway in Escherichia coli cells lacking RecQ, UvrD and HelD helicases. DNA repair, 11 (4), 419-430 doi:10.1016/j.dnarep.2012.01.011.
doi -
Repar, J., Cvjetan, S., Slade, D., Radman, M., Zahradka, D. & Zahradka, K. (2010) RecA protein assures fidelity of DNA repair and genome stability in Deinococcus radiodurans. DNA repair, 9 (11), 1151-1161 doi:10.1016/j.dnarep.2010.08.003.
doi -
Zahradka, K., Buljubašić, M., Petranović, M. & Zahradka, D. (2009) Roles of ExoI and SbcCD nucleases in "reckless" DNA degradation in recA mutants of Escherichia coli. Journal of bacteriology, 191 (5), 1677-1687 doi:10.1128/JB.01877-07.
doijb.asm.org Petranovic, D., Michelsen, O., Zahradka, K., Silva, C., Petranovic, M., Jensen, P. & Mijakovic, I. (2007) Bacillus subtilis strain deficient for the protein-tyrosine kinase PtkA exhibits impaired DNA replication. Molecular Microbiology, 63 (6), 1797-1805.
-
Zahradka, K., Slade, D., Bailone, A., Sommer, S., Averbeck, D., Petranović, M., Lindner, A. & Radman, M. (2006) Reassembly of shattered chromosomes in Deinococcus radiodurans. Nature, 443, 569-573 doi:10.1038/nature05160.
doiwww.nature.com Zahradka, K., Šimić, S., Buljubašić, M., Petranović, M., Đermić, D. & Zahradka, D. (2006) sbcB15 and delsbcB mutations activate two types of RecF recombination pathway in Escherichia coli. Journal of Bacteriology, 188, 7562-7571.
Zahradka, K., Zahradka, D., Đermić, D., Džidić, S. & Petranović, M. (2002) The inactivation of free phages in UV-irradiated Escherichia coli. Periodicum Biologorum, 104 (4), 399-403.
Zahradka, D., Zahradka, K., Džidić, S., Đermić, D. & Petranović, M. (2002) The rus-1 mutation suppresses cytological defects in recBC sbcBC ruv mutants of Escherichia coli. Periodicum Biologorum, 104 (4), 389-397.
Zahradka, D., Zahradka, K., Petranović, M., Đermić, D. & Brčić-Kostić, K. (2002) The RuvABC resolvase is indispensable for recombinational repair in sbcB15 mutants of Escherichia coli. Journal of Bacteriology, 184 (15), 4141-4147.
Petranović, M., Zahradka, K., Zahradka, D., Petranović, D., Nagy, B., Salaj-Šmic, E. & Petranović, D. (2001) Genetic evidence that the elevated levels of Escherichia coli helicase II antagonize recombinational DNA repair. Biochimie, 83 (-), 1041-1047.
Paškvan, I., Salaj-Šmic, E., Ivančić-Baće, I., Zahradka, K., Trgovčević, Ž. & Brčić-Kostić, K. (2001) The genetic dependence of RecBCD-Gam mediated double strand end repair in Escherichia coli. FEMS Microbiology Letters, 205 (02), 299-303.
Zahradka, K., Zahradka, D. & Petranović, M. (2001) Loss of lambda prophage recombinogenicity in UV-irradiated Escherichia coli : the role of host genes ruvA, ruvB, ruvC and recG. Research in microbiology, 152, 873-881.
Vlahović, K., Petranović, M., Zahradka, D. & Petranović, D. (2000) Progressive loss of lambda prophage recombinogenicity in UV-irradiated Escherichia coli : the role of RecBCD enzyme. Research in microbiology, 151 (9), 727-738.
Petranović, M., Vlahović, K., Zahradka, D., Džidić, S. & Radman, M. (2000) Mismatch repair in Xenopus egg extracts is not strand-directed by DNA methylation. Neoplasma, 47 (6), 375-381.
Zahradka, D., Vlahović, K., Petranović, M. & Petranović, D. (1999) Chromosome segregation and cell division defects in recBC sbcBC ruvC mutants of Escherichia coli. Journal of bacteriology, 181 (19), 6179-6183.
Vlahović, K., Petranović, M., Zahradka, D. & Petranović, D. (1998) Effects of ruv and recG mutations on lambda prophage thermoinducibility in UV-irradiated Escherichia coli. Periodicum biologorum, 100 (3), 383-388.
Ocjenski radovi
Doktorske disertacije
Vlahović, K. (1999) 'Genetička analiza rekombinogenosti profaga lambda u ozračenim bakterijama Escherichia coli', doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb.
Članstva u profesionalnim udrugama / društvima
- Hrvatsko genetičko društvo (2019-2021 tajnica; od 2021. dopredsjednica)
- Europsko društvo za mutagenezu i genomiku / European Environmental Mutagenesis and Genomics Society-EEMGS (2015-2019 predstavnica HGD-a)
- Hrvatsko mikrobiološko društvo
- Hrvatsko društvo za biokemiju i molekularnu biologiju
- zamjenica predsjednice Znanstvenog vijeća struke-biologija IRB-a (od 2016.)
- dopredsjednica (2007-2014) i predsjednica (od 2015.) Zakladnog vijeća programa "Znanje i otkrića" Zaklade Adris