Streptomiceti su bakterije poznate po proizvodnji važnih antibiotika te složenom životnom ciklusu. U svim domenama života, proteini SSB koji vežu jednolančanu DNA imaju ključnu ulogu u replikaciji, popravku i rekombinaciji DNA. Različite bakterijske vrste imaju više paraloga SSB-a, no njihova biološka uloga je slabo istražena.

Naši rezultati su pokazali kako su paralozi SSB bakterije S. coelicolor evoluirali te poprimili različite stanične funkcije. SsbA je nužan za preživljavanje, dok SsbB ima ključnu ulogu u segregaciji kromosoma tijekom sporulacije. Nedavno smo uočili da delecija gena ssbB kod određenog mutanta S. coelicolor pojačava proizvodnju antibiotika.

U svrhu boljeg razumijevanja bioloških funkcija proteina SSB, cilj ovog projekta je identifikacija ineraktoma paralognih proteina SSB, analiza domene/motiva odgovornih za interakcije, te rasvjetljavanje uloge disulfidnih mostova za funkciju proteina SsbB. Najinteresantniji partneri SSB-a koji će se identificirani B2H i TAP tehnologijama,  dodatno će se analizirati raznim in vivo i in vitro tehnikama. Konstruirat ćemo, te morfološki i fenotipski okarakterizirati jednostruke i dvostruke mutante streptomiceta kojima nedostaje gen za sintezu interaktanta i gen ssbB.

Kolokalizacija SSB-a i odabranih partnera ispitat će se fluorescencijskom mikroskopijom. Mehanizam vezanja proteina SSB i partnera istražit će se primjenom raznovrsnih metoda za određivanje afiniteta vezanja, poput polukvantitativnih metoda (EMSA), spektroskopskih tehnika (CD, fluorescencija, MST) i kalorimetrijskih tehnika (npr. ITC).

Komparativnom proteomskom analizom istražit će se vremenska dinamika sinteze SsbB-a i njegovih partnera tijekom rane log faze i faze programirane stanične smrti kod S. coelicolor i S. rimosus s povećanom sintezom antibiotika. Pretpostavljaući da je većina partnera SsbB-a sačuvana kod streptomiceta, predložena analiza mogla bi otkriti i vremenski-ovisne SSB interakcije, potencijalno važne za sintezu antibiotika.

Fig. 2 A) Crystal structure of the SsbA protein (Stefanic, Vujaklija et al. 2009). B) Superposition of SsbA (grey) and SsbB (green) (Paradzik, Ivic et al. 2013). Disulphide bridges are marked in red and SsbA clamp in blue.