dr. sc. Davor Zahradka
Bijenička cesta 54
HR-10000 Zagreb
Obrazovanje
1991 Zagreb, Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, dipl. inž. biologije (molekularna biologija)
1994 Zagreb, Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, mr. sc. (molekularna i stanična biologija)
1999 Zagreb, Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, dr. sc. (biologija)
2002 Pariz, Francuska, Institut Jacques Monod, poslijedoktorsko usavršavanje u grupi dr. Richarda D'Arija (bakterijska molekularna genetika)
Projekti
2014-2018 "Rekombinacija, popravak DNA i očuvanje integriteta genoma: novi putevi" (IP-11-2013-2978), Hrvatska zaklada za znanost - voditelj
2007-2013 "Molekularni mehanizmi rekombinacije i popravka DNA" (098-0982913-2862), Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta RH - voditelj
2002-2006 "Regulacija rekombinacije i rekombinacijskog popravka" (00981002), Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta RH - suradnik
1998 - 2000 "Uloga rekombinacije DNA u regulaciji stanične diobe bakterije Escherichia coli", poticajni projekt za mlade znanstvenike, Ministarstvo znanosti i tehnologije RH - voditelj
1996 - 2002 "Regulacija rekombinacije i rekombinacijskog popravka DNA", Ministarstvo znanosti i tehnologije RH - suradnik
1994 - 1997 "Genes and enzymes involved in inhibition of recombination", projekt UNIDO/ICGEB (CRP/CRO93-01) - suradnik
Nagrade i priznanja
2002 stipendija NATO Science Program (za poslijedoktorsko usavršavanje)
1990 Rektorova nagrada Sveučilišta u Zagrebu
Nastava
Kolegij "Genetička rekombinacija i popravak DNA", Poslijediplomski doktorski studij biologije, Prirodoslovno-matematički fakultet, Sveučilište u Zagrebu (suvoditelj)
Kolegij “Mehanizmi oštećenja i popravka DNA”, Interdisciplinarni doktorski studij "Molekularne bioznanosti", Sveučilište u Osijeku, Sveučilište u Dubrovniku i Institut Ruđer Bošković, Zagreb (suvoditelj)
Istaknute publikacije
Zahradka, K., Repar, J., Đermić, D, Zahradka, D. (2023) Chromosome Segregation and Cell Division Defects in Escherichia coli Recombination Mutants Exposed to Different DNA-Damaging Treatments. Microorganisms 11(3):701. doi: 10.3390/microorganisms11030701
Repar, J., Zahradka, D., Sović, I., Zahradka, K. (2021) Characterization of gross genome rearrangements in Deinococcus radiodurans recA mutants. Scientific Reports 11:10939. doi: 10.1038/s41598-021-89173-9
Buljubašić, M., Hlevnjak, A., Repar, J., Đermić, D., Filić, V., Weber, I., Zahradka, K., Zahradka, D. (2019) RecBCD- RecFOR-independent pathway of homologous recombination in Escherichia coli. DNA Repair 83:102670. doi: 10.1016/j.dnarep.2019.102670
Repar, J., Supek, F., Klanjscek, T., Warnecke, T., Zahradka, K., Zahradka, D. (2017) Elevated rate of genome rearrangements in radiation-resistant bacteria. Genetics 205: 1677-1689.
Repar, J., Briški, N., Buljubašić, M., Zahradka, K., Zahradka, D. (2013) Exonuclease VII is involved in “reckless” DNA degradation in UV-irradiated Escherichia coli. Mutation Research/Genetic Toxicology and Environmental Mutagenesis 750: 96-104.
Buljubašić, M., Repar, J., Zahradka, K., Đermić, D., Zahradka, D. (2012) RecF recombination pathway in Escherichia coli cells lacking RecQ, UvrD and HelD helicases. DNA Repair 11: 419-430.
Repar, J., Cvjetan, S., Slade, D., Radman, M., Zahradka, D., Zahradka, K. (2010) RecA protein assures fidelity of DNA repair and genome stability in Deinococcus radiodurans. DNA Repair 9: 1151-1161.
Zahradka, K., Buljubašić, M., Petranović, M., Zahradka, D. (2009) Roles of ExoI and SbcCD nucleases in "reckless" DNA degradation in recA mutants of Escherichia coli. Journal of Bacteriology 191: 1677-1687.
Zahradka, K., Šimić, S., Buljubašić, M., Petranović, M., Đermić, D., Zahradka, D. (2006) sbcB15 and delsbcB mutations activate two types of RecF recombination pathway in Escherichia coli. Journal of Bacteriology 188: 7562-7571.
Viguera, E., Petranović, M., Zahradka, D., Germain, K., Ehrlich, D. S., Michel, B. (2003) Lethality of bypass polymerases in Escherichia coli cells with a defective clamp loader complex of DNA polymerase III. Molecular Microbiology 50: 193-204.
Zahradka, D., Zahradka, K., Petranović, M., Đermić, D., Brčić-Kostić, K. (2002) The RuvABC resolvase is indispensable for recombinational repair in sbcB15 mutants of Escherichia coli. Journal of Bacteriology 184: 4141-4147.
Publikacije
Knjige i poglavlja u knjigama
Poglavlja u knjigama
-
Zahradka, K. & Zahradka, D. (2013) Reckless DNA Degradation. U: Maloy, S. & Hughes, K. (ur.) Brenner's Encyclopedia of Genetics (2nd ed.). San Diego (CA), Academic Press, str. 72-74 doi:10.1016/B978-0-12-374984-0.01272-9.
doi Zahradka, D. & Zahradka, K. (2007) Prijenos gena transdukcijom pomoću faga P1. U: Ambriović Ristov, A., Brozović, A., Bruvo Mađarić, B., Ćetković, H., Herak Bosnar, M., Hranilović, D., Katušić Hećimović, S., Meštrović Radan, N., Mihaljević, S., Slade, N. & Vujaklija, D. (ur.) Metode u molekularnoj biologiji. Zagreb, Institut Ruđer Bošković, str. 919-922.
Zahradka, D. (2007) Bakteriofag lambda. U: Ambriović Ristov, A., Brozović, A., Bruvo Mađarić, B., Ćetković, H., Herak Bosnar, M., Hranilović, D., Katušić Hećimović, S., Meštrović Radan, N., Mihaljević, S., Slade, N. & Vujaklija, D. (ur.) Metode u molekularnoj biologiji. Zagreb, Institut Ruđer Bošković, str. 14-18.
Zahradka, D. (2007) Escherichia coli. U: Ambriović Ristov, A., Brozović, A., Bruvo Mađarić, B., Ćetković, H., Herak Bosnar, M., Hranilović, D., Katušić Hećimović, S., Meštrović Radan, N., Mihaljević, S., Slade, N. & Vujaklija, D. (ur.) Metode u molekularnoj biologiji. Zagreb, Institut Ruđer Bošković, str. 3-10.
Radovi u časopisima
Znanstveni i pregledni radovi
-
Zahradka, K., Repar, J., Đermić, D. & Zahradka, D. (2023) Chromosome Segregation and Cell Division Defects in Escherichia coli Recombination Mutants Exposed to Different DNA-Damaging Treatments. Microorganisms, 11 (3), 11030701, 30 doi:10.3390/microorganisms11030701.
doiwww.mdpi.comfulir.irb.hr -
Zahradka, K., Repar, J., Đermić, D. & Zahradka, D. (2022) Genetic analysis of transductional recombination in Escherichia coli reveals differences in the postsynaptic stages of RecBCD and RecFOR pathways. Periodicum biologorum, 124 (3-4), 97-106 doi:10.18054/pb.v124i3-4.23604.
doihrcak.srce.hrhrcak.srce.hrdoi.orgfulir.irb.hr -
Feliciello, I., Đermić, E., Malović, H., Ivanković, S., Zahradka, D., Ljubić, S., Procino, A. & Đermić, D. (2022) Regulation of ssb Gene Expression in Escherichia coli. International journal of molecular sciences, 23 (18), 10917, 14 doi:10.3390/ijms231810917.
doiwww.mdpi.comfulir.irb.hr -
Repar, J., Zahradka, D., Sović, I. & Zahradka, K. (2021) Characterization of gross genome rearrangements in Deinococcus radiodurans recA mutants. Scientific reports, 11 (1), 10939, 11 doi:10.1038/s41598-021-89173-9.
doiwww.nature.comdoi.orgfulir.irb.hr -
Buljubašić, M., Hlevnjak, A., Repar, J., Đermić, D., Filić, V., Weber, I., Zahradka, K. & Zahradka, D. (2019) RecBCD- RecFOR-independent pathway of homologous recombination in Escherichia coli. DNA repair, 83, 102670, 16 doi:10.1016/j.dnarep.2019.102670.
doi -
Feliciello, I., Zahradka, D., Zahradka, K., Ivanković, S., Puc, N. & Đermić, D. (2018) RecF, UvrD, RecX and RecN proteins suppress DNA degradation at DNA double-strand breaks in Escherichia coli. Biochimie, 148, 116-126 doi:10.1016/j.biochi.2018.03.005.
doi -
Đermić, E., Zahradka, D., Vujaklija, D., Ivanković, S. & Đermić, D. (2017) 3'-terminated Overhangs Regulate DNA Double-Strand Break Processing in Escherichia coli. G3-Genes Genomes Genetics, 7 (9), 3091-3102 doi:10.1534/g3.117.043521.
doi -
Repar, J., Supek, F., Klanjšček, T., Warnecke, T., Zahradka, K. & Zahradka, D. (2017) Elevated rate of genome rearrangements in radiation-resistant bacteria. Genetics, 205 (4), 1677-1689 doi:10.1534/genetics.116.196154.
doi -
Repar, J., Šućurović, S., Zahradka, K., Zahradka, D. & Ćurković-Perica, M. (2013) Stress resistance of Escherichia coli and Bacillus subtilis is modulated by auxins. Canadian journal of microbiology, 59 (11), 766-770 doi:10.1139/cjm-2013-0266.
doi -
Buljubašić, M., Zahradka, D. & Zahradka, K. (2013) RecQ helicase acts before RuvABC, RecG and XerC proteins during recombination in recBCD sbcBC mutants of Escherichia coli. Research in microbiology, 164 (10), 987-997 doi:10.1016/j.resmic.2013.08.008.
doi -
Repar, J., Zahradka, D. & Zahradka, K. (2013) Accuracy of genome reassembly in gamma-irradiated Escherichia coli. Food technology and biotechnology, 51 (3), 327-337.
fulir.irb.hr -
Repar, J., Briški, N., Buljubašić, M., Zahradka, K. & Zahradka, D. (2013) Exonuclease VII is involved in "reckless" DNA degradation in UV-irradiated Escherichia coli. Mutation research. Genetic toxicology and environmental mutagenesis, 750 (1/2), 96-104 doi:10.1016/j.mrgentox.2012.10.005.
doi -
Buljubašić, M., Repar, J., Zahradka, K., Đermić, D. & Zahradka, D. (2012) RecF recombination pathway in Escherichia coli cells lacking RecQ, UvrD and HelD helicases. DNA repair, 11 (4), 419-430 doi:10.1016/j.dnarep.2012.01.011.
doi -
Supek, F., Šumanovac Ramljak, T., Marjanović, M., Buljubašić, M., Kragol, G., Ilić, N., Šmuc, T., Zahradka, D., Mlinarić-Majerski, K. & Kralj, M. (2011) Could LogP be a principal determinant of biological activity in 18-crown-6 ethers? Synthesis of biologically active adamantane-substituted diaza-crowns. European Journal of Medicinal Chemistry, 46 (8), 3444-3454 doi:10.1016/j.ejmech.2011.05.009.
doi -
Repar, J., Cvjetan, S., Slade, D., Radman, M., Zahradka, D. & Zahradka, K. (2010) RecA protein assures fidelity of DNA repair and genome stability in Deinococcus radiodurans. DNA repair, 9 (11), 1151-1161 doi:10.1016/j.dnarep.2010.08.003.
doi -
Zahradka, K., Buljubašić, M., Petranović, M. & Zahradka, D. (2009) Roles of ExoI and SbcCD nucleases in "reckless" DNA degradation in recA mutants of Escherichia coli. Journal of bacteriology, 191 (5), 1677-1687 doi:10.1128/JB.01877-07.
doijb.asm.org Đermić, D., Zahradka, D. & Petranović, M. (2006) Exonuclease requirements for recombination of lambda phage in recD mutants of Escherichia coli. Genetics, 173 (4), 2399-2402.
-
Zahradka, K., Šimić, S., Buljubašić, M., Petranović, M., Đermić, D. & Zahradka, D. (2006) sbcB15 and delsbcB mutations activate two types of RecF recombination pathway in Escherichia coli. Journal of bacteriology, 188 (21), 7562-7571 doi:10.1128/JB.00613-06.
doi Đermić, D., Đermić, E., Zahradka, D., Petranović, M. & Lerš, N. (2006) Gamma-irradiated RecD overproducers become permanent recB-/C- phenocopies for extrachromosomal DNA processing due to prolonged titration of RecBCD enzyme on damaged Escherichia coli chromosome. Biochimie, 88 (3-4), 379-386. (https://www.bib.irb.hr/229862).
Đermić, D., Halupecki, E., Zahradka, D. & Petranović, M. (2005) RecBCD enzyme overproduction impairs DNA repair and homologous recombination in Escherichia coli. Research in microbiology, 156 (3), 304-311.
Viguera, E., Petranović, M., Zahradka, D., Germain, K., Erlich, D. & Michel, B. (2003) Lethality of bypass DNA polymerases in Escherichia coli cells with a defective clamp loader complex of DNA polymerase III. Molecular microbiology, 50 (1), 193-204.
Zahradka, K., Zahradka, D., Đermić, D., Džidić, S. & Petranović, M. (2002) The inactivation of free phages in UV-irradiated Escherichia coli. Periodicum Biologorum, 104 (4), 399-403.
Zahradka, D., Zahradka, K., Džidić, S., Đermić, D. & Petranović, M. (2002) The rus-1 mutation suppresses cytological defects in recBC sbcBC ruv mutants of Escherichia coli. Periodicum Biologorum, 104 (4), 389-397.
-
Ivančić-Baće, I., Škrobot, N., Zahradka, D., Salaj-Šmic, E. & Brčić-Kostić, K. (2002) Genetic requirements for conjugational recombination in the presence of lambda Gam protein in Escherichia coli. Food Technology and Biotechnology, 40 (4), 261-265.
fulir.irb.hr -
Zahradka, D., Zahradka, K., Petranović, M., Đermić, D. & Brčić-Kostić, K. (2002) The RuvABC resolvase is indispensable for recombinational repair in sbcB15 mutants of Escherichia coli. Journal of bacteriology, 184 (15), 4141-4147 doi:10.1128/JB.184.15.4141-4147.2002.
doi -
Petranović, M., Zahradka, K., Zahradka, D., Petranović, D., Nagy, B., Salaj-Šmic, E. & Petranović, D. (2001) Genetic evidence that the elevated levels of Escherichia coli helicase II antagonize recombinational DNA repair. Biochimie, 83 (11-12), 1041-1047 doi:10.1016/S0300-9084(01)01346-3.
doi -
Zahradka, K., Zahradka, D. & Petranović, M. (2001) Loss of lambda prophage recombinogenicity in UV-irradiated Escherichia coli : the role of host genes ruvA, ruvB, ruvC and recG. Research in microbiology, 152 (10), 873-881 doi:10.1016/S0923-2508(01)01270-0.
doi -
Vlahović, K., Petranović, M., Zahradka, D. & Petranović, D. (2000) Progressive loss of lambda prophage recombinogenicity in UV-irradiated Escherichia coli : the role of RecBCD enzyme. Research in microbiology, 151 (9), 727-738 doi:10.1016/S0923-2508(00)01138-4.
doi Petranović, M., Vlahović, K., Zahradka, D., Džidić, S. & Radman, M. (2000) Mismatch repair in Xenopus egg extracts is not strand-directed by DNA methylation. Neoplasma, 47 (6), 375-381.
-
Zahradka, D., Vlahović, K., Petranović, M. & Petranović, D. (1999) Chromosome segregation and cell division defects in recBC sbcBC ruvC mutants of Escherichia coli. Journal of bacteriology, 181 (19), 6179-6183 doi:10.1128/JB.181.19.6179-6183.1999.
doi Vlahović, K., Petranović, M., Zahradka, D. & Petranović, D. (1998) Effects of ruv and recG mutations on lambda prophage thermoinducibility in UV-irradiated Escherichia coli. Periodicum biologorum, 100 (3), 383-388.
Ocjenski radovi
Doktorske disertacije
Zahradka, D. (1999) 'Uloga genetičke rekombinacije u regulaciji stanične diobe bakterije Escherichia coli', doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb.
Članstva u profesionalnim udrugama / društvima
Hrvatsko mikrobiološko društvo - predsjednik Bakteriološke sekcije (od 2020.)
Hrvatsko genetičko društvo
Hrvatsko društvo za biokemiju i molekularnu biologiju
Član Upravnog vijeća (2010-2021.) i Znanstvenog vijeća Mediteranskog instituta za istraživanje života (MedILS), Split
Član radne skupine IRB-a ovlaštene od Ministarstva zdravstva RH za procjenu rizika uvođenja GMO u okoliš
Član Povjerenstava za ocjenu i obranu doktorskih disertacija: PMF Zagreb, PBF Zagreb, Sveučilište J. J. Strossmayera u Osijeku
Mentorstva
Voditelj doktorske disertacije:
2012 Maja Buljubašić: "Uloga nukleaza i helikaza na putu homologne rekombinacije RecF u bakteriji Escherichia coli", Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu
Voditelj diplomskih radova:
2011 Sandra Šućurović: "Učinak auksina na rast bakterija Bacillus subtilis i Escherichia coli u stresnim uvjetima", Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu
2010 Nina Briški: "Utjecaj egzonukleaze VII na neobuzdanu degradaciju DNA u recA mutantima bakterije Escherichia coli", Prehrambeno-biotehnološki fakultet Sveučilišta u Zagrebu
2010 Iva Ćosić: "Stabilnost genoma bakterije Escherichia coli nakon gama zračenja", Prehrambeno-biotehnološki fakultet Sveučilišta u Zagrebu
2006 Vesna Šupak: "Učinak mutacije sbcB15 na homolognu rekombinaciju tijekom transdukcije kod bakterije Escherichia coli - hiperrekombinacijski fenotip", Farmaceutsko-biokemijski fakultet Sveučilišta u Zagrebu
2005 Maja Buljubašić: "Učinak mutacije recG na homolognu rekombinaciju u bakteriji Escherichia coli", Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu
Organizacija znanstvenih skupova
Član Znanstvenog odbora sljedećih skupova:
2022 7. hrvatski mikrobiološki kongres s međunarodnim sudjelovanjem, Sv. Martin na Muri
2018 13. hrvatski biološki kongres s međunarodnim sudjelovanjem, Poreč
2015 12. hrvatski biološki kongres s međunarodnim sudjelovanjem, Sv. Martin na Muri
2009 10. hrvatski biološki kongres s međunarodnim sudjelovanjem, Osijek
2008 Simpozij "50 godina molekularne biologije u Hrvatskoj", Zagreb