GLIcode - Regulacija GLI koda u tumorima ovisnim o BRAF/NRAS mutacijama

Signalni put Hedgehog povezan je s nastankom raznih tumora, ali točni mehanizmi djelovanje još nisu u potpunosti razjašnjeni. Fokus ovog istraživanja su tumori s mutacijama u genima BRAF ili NRAS, te njihov odgovor na inhibiciju signalnog puta Hedgehog. BRAF i NRAS nekanonički aktiviraju sva tri proteina GLI, ali točan slijed i djelovanje ovih interakcija još nisu razjašnjeni. Ovim projektom planiramo odrediti točne transkripcijske mete proteina GLI1, GLI2 i GLI3 u melanomima s različitim genetičkim podlogama: mutacijom u BRAF, mutacijom u NRAS, ili bez mutacije u ova dva gena. Stoga ćemo prvo provesti analizu ChIP-seq kako bismo odredili točne transkripcijske mete ovih proteina. Nakon toga uklonit ćemo gene za svaki od tih proteina („knock-out“) i sekvencirati transkriptome tih staničnih linija. Nakon izrade „knock-out“ linija, testirat ćemo ih nizom testova kako bismo odredili ulogu svakog od tri proteina GLI u tumorima ovisnim o mutacijama u BRAF/NRAS, te kako bismo razjasnili mehanizam njihovog djelovanja u melanomima. Kombiniranim tretmanima inhibitorima signalnog puta Hedgehog i specifičnim inhibitorima BRAF/NRAS, te izradom i testiranjem staničnih linija otpornih na te lijekove, pokazat ćemo postoji li pozitivan učinak za potencijalno liječenje melanoma. Sve ove analize pokazat će nam mogu li se proteini GLI ili njihovi ciljni geni koristiti kao potencijalni biomarkeri za melanom. Na kraju, u zadnjoj godini projekta, analizom potencijalnih biomarkera na kliničkim uzorcima, procijenit ćemo njihovu moguću primjenu u klinici. Ukratko, ovim projektom u planu je kompletna analiza GLI koda u melanomima ovisnim o BRAF/NRAS mutacijama, od određivanja transkripcijskih meta i pronalaženja molekularnih mehanizama do potencijalne primjene u klinici.