Molekularno prepoznavanje DNA:RNA hibridnih i višelančanih struktura u bioanalitičkim i in vitro sustavima
Glavni istraživač
Noviji radovi vezani uz projekt:
1. Lončar, B.; Perin, N.; Mioč, M.; Boček, I.; Grgić, L.; Kralj, M.; Tomić, S.; Radić Stojković, M.; Hranjec, M., Novel amino substituted tetracyclic imidazo[4,5-b]pyridine derivatives: Design, synthesis, antiproliferative activity and DNA/RNA binding study, European Journal of Medicinal Chemistry 217 (2021) 113342, https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2021.113342
2. Tumir, L.-M.; Zonjić, I.; Žuna, K.; Radić Brkanac, S.; Jukić, M.; Huđek, A.; Durgo, K.; Crnolatac, I.; Glavaš-Obrovac, Lj.; Cardullo, N.; Pulvirenti, L. ; Muccilli, V. ; Tringali, C. ; Radić Stojković, M., Synthesis, DNA/RNA-interaction and biological activity of benzo[k,l]xanthene lignans, Bioorganic chemistry, 104 (2020), 104190, 12 doi:10.1016/j.bioorg.2020.104190
3. Bistrović Popov, A.; Krstulović, L.; Koštrun, S.; Jelić, D.; Brokulić, A.; Radić Stojković, M.; Zonjić, I.; Taylor, M. C.; Kelly, J. M.; Bajić, M.; Raić-Malić, S., Design, synthesis, antitrypanosomal activity, DNA/RNA binding and in vitro ADME profiling of novel imidazoline-substituted 2- arylbenzimidazoles, European journal of medicinal chemistry, 207 (2020), 112802, 19 doi:10.1016/j.ejmech.2020.112802
4. Meščić Macan, A.; Perin, N.; Jakopec, S.; Mioč, M.; Radić Stojković, M.; Kralj, M.; Hranjec, M.; Raić- Malić, S., Synthesis, antiproliferative activity and DNA/RNA-binding properties of mono- and bis-(1, 2, 3-triazolyl)-appended benzimidazo[1, 2-a]quinoline derivatives, European journal of medicinal chemistry, 185 (2020), 111845, 11 doi:10.1016/j.ejmech.2019.111845
5. Matić, J.; Šupljika, F.; Tandarić, T.; Dukši, M.; Piotrowski, P.; Vianello, R.; Brozović, A.; Piantanida, I.; Schmuck, C.; Radić Stojković, M., DNA/RNA recognition controlled by the glycine linker and the guanidine moiety of phenanthridine peptides, International journal of biological macromolecules, 134 (2019), 422-434 doi:10.1016/j.ijbiomac.2019
6. Panić, M.; Radić Stojković, M.; Kraljić, K.; Škevin, D.; Radojčić Redovniković, I.; Gaurina Srček, V.; Radošević, K., Ready-to-use green polyphenolic extracts from food by-products, Food chemistry, 283 (2019), 628-636 doi:10.1016/j.foodchem.2019.01.061
Biološka aktivnost mnogih lijekova temelji se na interakcijama malih organskih molekula s DNA i RNA makromolekulama. DNA:RNA hibridne i višelančane strukture stvaraju se kao prijelazne strukture tijekom mnogih biološki važnih procesa kao što su replikacija DNA, transkripcija, replikacija telomera i virusa HIV. DNA:RNA hibridne strukture mogu stvarati R-petlje koje su otkrivene u različitim organizmima od bakterija do sisavaca i imaju presudnu ulogu u reguliranju ekspresije gena, modifikaciji DNA i histona, promjeni klasa imunoglobulina rekombinacijom, replikaciji DNA i stabilnosti genoma. U nekim se slučajevima hibridne dvolančane strukture mogu povezati s trećim pojedinačnim lancem, a i sami spojevi mogu potaknuti stvaranje DNA:RNA hibridnih tripleksa ili disproporcioniranje dupleksa. Također, budući da se aktivnost telomeraze može inhibirati ili vezanjem liganada na DNA:RNA hibride ili G-kvadruplekse, bitno je proučiti interakciju s obje mete.
Stoga DNA:RNA hibridne i višelančane strukture predstavljaju atraktivne mete za male molekule osobito zato što nema puno literaturnih izvora o ligandima sa selektivnim vezanjem na te mete.
Glavni cilj ovog projekta je pronalaženje novih strukturnih motiva/spojeva s preferencijalnim vezanjem na DNA:RNA hibridne i višelančane strukture (triplekse i kvadruplekse) naspram regularnih (nehibridnih) DNA i RNA dupleksa i jednolančanih struktura i istraživanje načina vezanja odabranih liganada u DNA i RNA strukturama prvo u bioanalitičkim sustavima (vodene puferirane otopine u reakcijskim posudama npr. kiveti, ćeliji instrumenta), a zatim u kompleksnijim, in vitro sustavima (tumorska stanična linija).
Za ispunjavanje glavnog cilja projekta, moraju biti ispunjeni drugi ciljevi: formiranje biblioteke spojeva sa strukturnim motivom potrebnim za prepoznavanje ovih meta, uvođenje i primjena novih DNA i RNA meta (DNA:RNA hibridne i višelančane strukture) i metoda visoke propusnosti (kompeticijska dijaliza, temperaturno mekšanje smjesa, RNaseH test) u područje istraživanja projektnog tima, koje bi omogućile brzi probir spojeva sa sposobnošću prepoznavanja tih meta.
Slijedeći cilj je detaljno istražiti način vezanja odabranih liganada u DNA i RNA strukturama u bioanalitičkim sustavima (vodene puferirane otopine) pomoću spektroskopskih, kalorimetrijskih i komputacijskih metoda (UV/Vis- i fluorescencijska spektroskopija, CD/LD spektrometrija, viskozimetrija, DSC i ITC mikrokalorimetrija, NMR, masena spektrometrija, molekulsko modeliranje pomoću programskog paketa Amber). Istražiti ćemo također moguću korelaciju između visokog veznog potencijala izabranih spojeva i antiproliferativne aktivnosti u kulturi stanica (MTT, protočna citometrija, konfokalna mikroskopija).
Popis radova vezanih uz projekt: CROSBI