Laboratorij za molekularnu ekotoksikologiju

Laboratorij se bavi proučavanjem staničnih detoksifikacijskih mehanizama kod organizama vodenih ekosustava.

Grupa T. Smital – Molekularna ekotoksikologija

Cilj istraživanja– temeljna ekotoksikološka istraživanja usmjerena na razumijevanje:

●  Molekularne osnove i uloge staničnih detoksifikacijskih mehanizama u organizmima vodenih ekosistema

●  Interakcije staničnih detoksifikacijskih mehanizama sa klasičnim i novim okolišnim zagađivalima

Krajnji cilj gore navedenih temeljnih istraživanja je vrednovanje uloge staničnih detoksifikacijskih mehanizama kao ključnih sastavnica tzv. ADMETox obilježja okolišnih zagađivala. Rezultati naših istraživanja doprinijet će i poboljšanju i/ili razvoju ekotoksikoloških molekularnih biomarkera tzv. ‘ranog upozorenja’ te razvoju tzv.high-throughput alata za evaluaciju pojedinačnih okolišnih zagađivala, kao i evaluaciju kompleksnih okolišnih mješavina zagađivala.

Glavni istraživački pravci

1.Razumijevanje ekotoksikološkog značaja:

a) Proteina eksportera: ABC (ATP Binding Cassette) i MATE (Multidrug and Toxin extrusion) transportnih proteina (effluxtransportera)

b) Proteina unosnika: SLC (Solute Carriers) - SLC21/OATP and SLC21 (OAT, OCT) transportnih proteina (uptaketransportera)

c) GST (Glutathione S-transferase) enzima: faza 2 staničnog ADME (Administration, Distribution, Metabolism, Elimination)

2.Razvoj tzv. Effects-Directed Analyses(EDA)pristupa u svrhu identifikacije štetnih kemijskih zagađivala u okolišu.

Grupa M. Popović – DNA popravak

Popovic lab webpage available at:

https://martafry.wixsite.com/popoviclab

Members:

Group leader: Marta Popovic, PhD

Postdoc: Cecile Otten, PhD

PhD student: Christine Supina, MSc molecular biology

PhD student: Ivan Anticevic, MSc biology and chemistry

Project title: Deciphering DNA-Protein Crosslink Repair in vivo using zebrafish model

Project summary

Unakrsna veza DNA-protein (eng.DNA-protein crosslink;DPC) je tip DNA oštećenja koje nastaje kao posljedica ireverzibilne kovalentne veze između DNA i proteina u prisutnosti endogenog ili egzogenog DPC inducirajućeg agensa. Endogeni DPC induceri su nusprodukti staničnog metabolizma poput oksidativnih radikala, aldehida i promjene u DNA strukturi, dok su primjeri egzogenih inducera ultraljubičasto i ionizirajuće zračenje te različiti kemijski agensi. DPC-i su česta DNA oštećenja i predstavljaju fizičku prepreku za sve DNA transakcije: replikaciju, transkripciju, rekombinaciju i popravak. Nemogućnost popravka DPC-ova uzrokuje genomsku nestabilnost i teške posljedice za organizam, uključujući preuranjeno starenje, neurodegenreaciju i pojavu tumora. Unatoč visokoj učestalosti pojave DPC-a, malo se zna o mehanizmu njihova popravka, jer se sve donedavno DPC popravak nije smatrao zasebnim mehanizom popravka DNA. Tijekom 2014. i 2016. god. nekoliko grupa je identificiralo nove stanične enzime, proteaze Wss1 i SPRTN, koje proteolizom DPC-a iniciraju njihov popravak. Otkriće proteolizno-ovisnog popravka DPC-a dovelo je do prepoznavanja DPC popravka kao zasebnog mehanizma popravka DNA oštećenja. Međutim, trenutno nije poznata regulacija cijelog mehanizma, niti je poznato koji drugi faktori sudjeluju u popravku, dok gotovo ništa nije poznato o mehanizmu DPC popravkain vivo. Stoga je glavni cilj predloženog projekta otkriti regulaciju puta popravka DPC-ainvivokoristeći ribu zebricu (Danio rerio) kao istraživački model. Koristit ćemo CRISPR/Cas9 gensku manipulaciju kako bi utišali ili mutirali gen(e) od interesa, a za koji pretpostavljamo da su uključeni u DPC popravak. Uloga pojedinih proteina (i njihovih kombinacija) u popravku DPC-a biti će analizirana nakon izolacije DPC-a iz transgeničnih embrija i odraslih jedinki zebrice. Također ćemo konstruirati GFP reporter test u staničnim linijama i transgenim ribama koji će omogućiti kvantifikaciju učinkovitosti DPC popravka in vitro i in vivo.

More information about the project: https://www.irb.hr/eng/Research/Divisions/Division-for-Marine-and-Environmental-Research/Laboratory-for-molecular-ecotoxicology/DNAPRO-Deciphering-DNA-Protein-Crosslink-Repair-in-vivo-using-zebrafish-model

Ova stranica koristi kolačiće

neki od tih kolačića nužni su za ispravno funkcioniranje stranice, dok se drugi koriste za praćenje korištenja stranice radi poboljšanja korisničkog iskustva.

Za više informacija pogledajte naše uvjete korištenja.

  • Kolačići koji su nužni za ispravno funkcioniranje stranice. Moguće ih je onemogućiti u postavkama preglednika.