dr. sc. Antonija Tomić
Bijenička cesta 54
10 000 Zagreb
Obrazovanje
2015. Zagreb, Prirodoslovno matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, dr. sc.
2008. Zagreb, Prirodoslovno matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, Dipl. Ing. kemije
Nagrade i priznanja
2007. Medalja Kemijskog odsjeka Prirodoslovno-matematičkog fakulteta u Zagrebu za izvrstan uspjeh u studiju kemije
Nastava
asistent na laboratorijskim vježbama iz fizikalne kemije na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu, Sveučilište u Zagrebu, Hrvatska
Istaknute publikacije
1. Antonija Tomić; Sanja Tomić. Hunting the human DPP III active conformation: combined thermodynamic and QM/MM calculations. Dalton transactions 43 (2015) 15503-15514
2. Antonija Tomić; Miguel Gonzalez; Sanja Tomić. The large scale conformational change of the human DPP III - substrate preferes the "closed" form. Journal of chemical information and modeling 52 (2012) 1583-1594
3. Jasminka Špoljarić, Antonija Tomić, Bojana Vukelić, Branka Salopek-Sondi, Dejan Agić, Sanja Tomić, Marija Abramić; Human dipeptidyl peptidase III: site-directed mutagenesis proves the importance of Asn406 for ligand binding and hydrolysis, Croatica chemica acta 84(2) (2011) 259-268
4. Antonija Tomić, Marija Abramić, Jasminka Špoljarić, Dejan Agić, David M. Smith and Sanja Tomić; Human Dipeptidyl Peptidase III: Insights into Ligand Binding from a Combined Experimental and Computational Approach, Journal of Molecular Recognition, 24 (2011) 804-814
5. Antonija Tomić; Tomislav Živković; On the vibrational interlacing rule in deuterated thiophenes: I. Out-of-plane vibrations, Croatica chemica acta, 82(2) (2009) 561-566
Publikacije
Radovi u časopisima
Znanstveni i pregledni radovi
-
Tomić, A., Horvat, G., Ramek, M., Agić, D., Brkić, H. & Tomić, S. (2019) New zinc ion parameters suitable for classical MD simulations of zinc metallo-peptidases. Journal of chemical information and modeling, 59 (8), 3437-3453 doi:10.1021/acs.jcim.9b00235.
doi -
Agić, D., Brkić, H., Kazazić, S., Tomić, A. & Abramić, M. (2019) Aprotinin interacts with substrate-binding site of human dipeptidyl peptidase III. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 37 (14), 3596-3606 doi:10.1080/07391102.2018.1521343.
doifulir.irb.hrdoi.orgwww.tandfonline.com -
Tomin, M., Tomić, A., Kovačević, B. & Tomić, S. (2018) The Mechanism of Peptide Hydrolysis Catalysed by Dipeptidyl Peptidase III from Bacteroides thetaiotaomicron. Croatica chemica acta, 91 (2), 187-193 doi:10.5562/cca3343.
doihrcak.srce.hrfulir.irb.hr -
Kazazić, S., Karačić, Z., Sabljić, I., Agić, D., Tomin, M., Abramić, M., Dadlez, M., Tomić, A. & Tomić, S. (2018) Conservation of the conformational dynamics and ligand binding within M49 enzyme family. RSC Advances, 8 (24), 13310-13322 doi:10.1039/c7ra13059g.
doipubs.rsc.orgpubs.rsc.orgfulir.irb.hr -
Sabljić, I., Tomin, M., Matovina, M., Sučec, I., Tomašić Paić, A., Tomić, A., Abramić, M. & Tomić, S. (2018) The first dipeptidyl peptidase III from a thermophile: Structural basis for thermal stability and reduced activity. PLoS One, 13 (2), e0192488, 25 doi:10.1371/journal.pone.0192488.
doifulir.irb.hrfulir.irb.hr -
Gundić, M., Tomić, A., Wade, R., Matovina, M., Karačić, Z., Kazazić, S. & Tomić, S. (2016) Human DPP III – Keap1 Interactions : A Combined Experimental And Computational study. Croatica chemica acta, 89 (2), 217-228 doi:10.5562/cca2916.
doihrcak.srce.hr -
Tomić, A., Kovačević, B. & Tomić, S. (2016) Concerted nitrogen inversion and hydrogen bonding to Glu451 are responsible for protein-controlled suppression of the reverse reaction in the human DPP III. Physical Chemistry Chemical Physics, 18 (39), 27245-27256 doi:10.1039/C6CP04580D.
doi -
Tomić, A., Berynskyy, M., Wade, R. & Tomić, S. (2015) Molecular simulations reveal that the long range fluctuations of human DPP III change upon ligand binding. Molecular biosystems, 11, 3068-3080 doi:10.1039/c5mb00465a.
doi -
Tomić, A. & Tomić, S. (2014) Hunting the human DPP III active conformation : combined thermodynamic and QM/MM calculations. Dalton transactions, 43, 15503-15514 doi:10.1039/C4DT02003K.
doi -
Tomić, A., Gonzalez, M. & Tomić, S. (2012) The large scale conformational change of the human DPP III – substrate prefers the "closed" form. Journal of chemical information and modeling, 52 (6), 1583-1594 doi:10.1021/ci300141k.
doi -
Špoljarić, J., Tomić, A., Vukelić, B., Salopek-Sondi, B., Agić, D., Tomić, S. & Abramić, M. (2011) Human Dipeptidyl Peptidase III : the Role of Asn406 in Ligand Binding and Hydrolysis. Croatica chemica acta, 84 (2), 259-268 doi:10.5562/cca1808.
doihrcak.srce.hr -
Tomić, A., Abramić, M., Špoljarić, J., Agić, D., Smith, D. & Tomić, S. (2011) Human Dipeptidyl Peptidase III: Insights into Ligand Binding from a Combined Experimental and Computational Approach. Journal of molecular recognition, 24 (5), 804-814 doi:10.1002/jmr.1115.
doi -
Tomić, A. & Živković, T. (2009) On the vibrational interlacing rule in deuterated thiophenes : I. Out-of-plane vibrations. Croatica chemica acta, 82 (2), 561-566.
hrcak.srce.hr
Ocjenski radovi
Doktorske disertacije
Tomić, A. (2015) 'Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III', doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb.
Članstva u profesionalnim udrugama / društvima
član Hrvatskog kemijskog društva, član Hrvatskog biofizičkog društva
Član organizacijskog odbora znanstvenih susreta mladih istraživača (Znanstveni susreti 3. vrste) Instituta Ruđer Bošković 2011