Prijeđite na glavni sadržaj

Ciljevi i zadaci

A
A
A

Ciljevi

Sveukupni cilj istraživanja je pridonijeti razjašnjavanju uloge biomolekulske fleksibilnosti u velikom rasponu na skalama vremena i veličine i tako poboljšati razumijevanje odabranih bioloških procesa i unaprijediti njihov konceptualni okvir.

Usporedno s time, ovim projektom želimo sačuvati razvojni impuls u području računalnih bioznanosti na IRB-u te održati znanstvenu izvrsnost i međunarodnu prepoznatljivost projektnog tima.

Zadaci

Za ostvarenje sveukupnog cilja postavljeni su konkretni zadaci, grupirani u ove radne pakete.

WP1 – Peptidi i spektroskopija

U sustavima s malim peptidima razjasnit ćemo prirodu dinamike u pobuđenim stanjima i njenu povezanost s molekulskom fleksibilnošću (Zadatak 1.1). S tim je usko povezan Zadatak 1.2 u kojem se istražuje veza između osnovnog stanja strukturnog ansambla fleksibilnih peptida i njihovog spektra cirkularnog dikroizma (CD) te razvija moguća primjena za intramolekulske probe.

WP2 – Proteinska struktura i fleksibilnost

U ovom paketu promatramo veće sustave i produbljujemo razumijevanje molekulske fleksibilnosti u cijelim proteinima. Ključna metoda u tom pogledu je H/D izmjena (HDX). Razvijamo robusnu matematičku analizu podataka iz HDX za pouzdanije mjerenje molekulske fleksibilnosti u ovim i sličnim sustavima (Zadatak 2.1).

WP3 – Transformacije enzima

Na još višoj razini složenosti, proučavamo razne aspekte odnosa između fleksibilnosti i kemijskih transformacija, posebno u kontekstu enzimskih funkcija. Piruvat-format-lijaza služi nam kao model za objašnjavanje utjecaja kemijskih promjena u aktivnom mjestu na molekulsku fleksibilnost (Zadatak 3.1). Upotrijebit ćemo sustave GDH za utvrđivanje razlika u fleksibilnostima između porodica mutaza i eliminaza u B12-ovisnim i B12-neovisnim enzimima. Redukcija ribonukleotida upotrijebit će se za istraživanje molekulske fleksibilnosti u kontekstu kemijske evolucije (Zadatak 3.2). Konačno ćemo istražiti fotoizomerizaciju retinala da bismo povezali dinamiku pobuđenih stanja s molekulskom fleksibilnošću osnovnog stanja (Zadatak 3.3).

Računalna rješenja u bioznanostima: Uloga molekulske fleksibilnosti (CompSoLS-MolFlex)

Ova stranica koristi kolačiće

neki od tih kolačića nužni su za ispravno funkcioniranje stranice, dok se drugi koriste za praćenje korištenja stranice radi poboljšanja korisničkog iskustva.

Za više informacija pogledajte naše uvjete korištenja.

  • Kolačići koji su nužni za ispravno funkcioniranje stranice. Moguće ih je onemogućiti u postavkama preglednika.