Istraživačko-razvojni projekt čija sredstva su osigurana u sklopu poziva 'Jačanje kapaciteta za istraživanje, razvoj i inovacije' (IRI) iz Europskoga fonda za regionalni razvoj. 

Akvakultura školjkaša jedan je od najbrže rastućih gospodarskih sektora proizvodnje hrane, zbog globalnog porasta potražnje za plodovima mora. Optimalni uvjeti okoliša u Jadranu osiguravaju gotovo idealne uvjete za akvakulturu školjkaša. 

Većina studija o mikrobnoj ekologiji vodenog okoliša usredotočena je na odvojene dijelove vodenog ekosustava. Našim projektom predlažemo opsežnu studiju bakterijske zajednice u vodenom stupcu, sedimentu i ribama kao pokazateljima zdravstvenog stanja vodenog okoliša te njegovih mogućih implikacija na ljudsko zdravlje.

Laboratorij već niz godina od 2002.g provodi monitoring na slatkovodnim područjima u Hrvatskoj te raspolaže sa mnoštvom podataka. Daljnji rad  na ovm ribolovnom području nastavlja i proširuje određene aspekte koji će utvrditi i zaokružiti cjelokupnu, realniju sliku.

Onečišćenje okoliša prouzročeno razvojem industrije, poljoprivrede te povećanjem otpada, ugrožava kvalitetu vodenih ekosustava. Posljedice mogu biti promjene zdravstvenog stanja akvatičkih organizama. Stoga zdravstveno stanje tih organizama služi kao pokazatelj onečišćenja ekosustava. Patofiziološko/patoanatomsko stanje određenog organizma ili biocenoze u vodi predstavlja promjenu uzrokovanu poremećajem fizikalnih, kemijskih i/ili bioloških parametara te njihovih međusobnih kombinacija. Istraživanja tijekom projekta usmjerena su na slatkovodne i morske vodene ekosustave.